SAXSdb — 3zvn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 5	5'-D(GPTPCPAP*CP)-3' × 5 MANGANESE (II) ION × 1 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PNKP_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–416； UniProt 111–522

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zvn
沉积日期 deposition_date	2011-07-25
结构标题 title	The structural basis for substrate recognition by mammalian polynucleotide kinase 3' phosphatase
关键词 keywords	HYDROLASE-TRANSFERASE-DNA COMPLEX, BASE EXCISION REPAIR, BER, NON-HOMOLOGOUS END-JOINING, NHEJ, DNA REPAIR, CANCER; HYDROLASE/TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3zvn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3zvn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3zvn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.04 Å
Rg（电子密度）	25.83 Å
总 Rg	26.49 Å
原子数	3430
残基数	400
排除体积	59386 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3zvn__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE
分子量 formula_weight	45947.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.32, 2.7.1.78
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3683

GPHMTSGSQPDAPPDTPGDPEEGEDTEPQKKRVRKSSLGWESLKKLLVFTASGVKPQGKVAAFNLDGTLITTRSGKVFPTSPSDWRILYPEIPKKLQELAAEGYKLVIFTNQMGIGRGKLPAEVFKGKVEAVLEKLGVPFQVLVATHAGLNRKPVSGMWDHLQEQANEGIPISVEDSVFVGDAAGRLANWAPGRKKKDFSCADRLFALNVGLPFATPEEFFLKWPAARFELPAFDPRTISSAGPLYLPESSSLLSPNPEVVVAVGFPGAGKSTFIQEHLVSAGYVHVNRDTLGSWQRCVSSCQAALRQGKRVVIDNTNPDVPSRARYIQCAKDAGVPCRCFNFCATIEQARHNNRFREMTDPSHAPVSDMVMFSYRKQFEPPTLAEGFLEILEIPFRLQEHLDPALQRLYRQFSEG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPTPCPAP*CP)-3'
分子量 formula_weight	1480.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,G,H,I

GTCAC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3zvnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	3zvnA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	69.270 Å
晶胞边长 b length_b	72.990 Å
晶胞边长 c length_c	114.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	36.495 Å
R 因子 r_factor	0.2082
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2689

The structural basis for substrate recognition by mammalian polynucleotide kinase 3' phosphatase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zvn__assembly_1__model_1

3zvn__assembly_1__model_1 | I(q)

3zvn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The structural basis for substrate recognition by mammalian polynucleotide kinase 3' phosphatase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zvn__assembly_1__model_1

3zvn__assembly_1__model_1 | I(q)

3zvn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)