3zwv

Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with ara-2'F-ADP- ribose at 2.3 angstrom

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYL CYCLASE

APLYSIA CALIFORNICA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate ; × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate ; × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate ; × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate ; × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NADA_APLCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282 作者链 B； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282 作者链 C； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282 作者链 D； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282 作者链 E； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282 作者链 F； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282 作者链 G； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282 作者链 H； PDB构建体 3–260； UniProt 25–282

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zwv
沉积日期 deposition_date	2011-08-03
结构标题 title	Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with ara-2'F-ADP- ribose at 2.3 angstrom
关键词 keywords	HYDROLASE, CD38; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3zwv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3zwv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3zwv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.77 Å
Rg（电子密度）	24.85 Å
总 Rg	25.80 Å
原子数	4101
残基数	505
排除体积	72845 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3zwv__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3zwv__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3zwv__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3zwv__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-RIBOSYL CYCLASE
分子量 formula_weight	29722.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	16687

AAIVPTRELENVFLGRCKDYEITRYLDILPRVRSDCSALWKDFFKAFSFKNPCDLDLGSYKDFFTSAQQQLPKNKVMFWSGVYDEAHDYANTGRKYITLEDTLPGYMLNSLVWCGQRANPGFNEKVCPDFKTCPVQARESFWGMASSSYAHSAEGEVTYMVDGSNPKVPAYRPDSFFGKYELPNLTNKVTRVKVIVLHRLGEKIIEKCGAGSLLDLEKLVKAKHFAFDCVENPRAVLFLLCSDNPNARECRLAKRFYRIA

来源 Source

来源生物 organism	APLYSIA CALIFORNICA
通用名 common_name	CALIFORNIA SEA HARE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6500
宿主生物 host_organism	PICHIA PASTORIS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate ;
分子量 formula_weight	545.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	294

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d3zwva_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

结构域编号 domain_id	d3zwvb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

结构域编号 domain_id	d3zwvc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

结构域编号 domain_id	d3zwvd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

结构域编号 domain_id	d3zwvd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3zwve_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

结构域编号 domain_id	d3zwvf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

结构域编号 domain_id	d3zwvg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

结构域编号 domain_id	d3zwvh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family family	c.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3zwvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3zwvB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3zwvC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3zwvD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3zwvE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3zwvF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3zwvG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3zwvH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3zwvH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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晶胞边长 a length_a	61.146 Å
晶胞边长 b length_b	76.481 Å
晶胞边长 c length_c	141.366 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	88.09 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	91.02 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2181
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2769

Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with ara-2'F-ADP- ribose at 2.3 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYL CYCLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zwv__assembly_1__model_1

3zwv__assembly_1__model_1 | I(q)

3zwv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with ara-2'F-ADP- ribose at 2.3 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYL CYCLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zwv__assembly_1__model_1

3zwv__assembly_1__model_1 | I(q)

3zwv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)