3zyf

CRYSTAL STRUCTURE OF PA-IL LECTIN COMPLEXED WITH NPG AT 1.9 A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PA-I GALACTOPHILIC LECTIN

PSEUDOMONAS AERUGINOSA

UniProt Q05097

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 CALCIUM ION × 2 4-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 CALCIUM ION × 2 4-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PA1L_PSEAE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–122; UniProt 1–122 作者链 B; PDB构建体 1–122; UniProt 1–122 作者链 C; PDB构建体 1–122; UniProt 1–122 作者链 D; PDB构建体 1–122; UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3zyf
沉积日期 deposition_date2011-08-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF PA-IL LECTIN COMPLEXED WITH NPG AT 1.9 A RESOLUTION
关键词 keywordsADHESIN, GLYCOSPHINGOLIPID-ANTIGEN, GALACTOSE-SPECIFIC, GALACTOSIDES, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3zyf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3zyf__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3zyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)19.19 Å
Rg(电子密度)18.00 Å
总 Rg18.90 Å
原子数1846
残基数242
排除体积32440 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3zyf__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3zyf__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3zyfa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1
结构域编号 domain_idd3zyfb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1
结构域编号 domain_idd3zyfc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1
结构域编号 domain_idd3zyfd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3zyfA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily430 — Galactose-binding lectin
结构域编号 domain_id3zyfB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily430 — Galactose-binding lectin
结构域编号 domain_id3zyfC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily430 — Galactose-binding lectin
结构域编号 domain_id3zyfD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily430 — Galactose-binding lectin
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7. 引用文献 (1)