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4a0b

Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.8 A resolution (CPD 4)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q16531

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） 5'-D(*DGP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*(TTD)P*AP*GP*CP*AP*GP*DGP)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） 5'-D(*DGP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*(TTD)P*AP*GP*CP*AP*GP*DGP)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3e0c 8zsw 9bbe 9bbg 9bbh 9bbi 9ejq 9zxm 9zxn

共 9 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
10ay 2hye 3ei1 3ei2 3ei3 3ei4 3ei4 3ei4 3i7h 3i7k 3i7l 3i7n

共 282 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DDB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 20–1159； UniProt 1–1140 作者链 C； PDB构建体 20–1159； UniProt 1–1140

DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2

DANIO RERIO

UniProt Q2YDS1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） 5'-D(*DGP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*(TTD)P*AP*GP*CP*AP*GP*DGP)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） 5'-D(*DGP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*(TTD)P*AP*GP*CP*AP*GP*DGP)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3ei1 3ei2 3ei3 4a08 4a09 4a0a 4a0b 4a0b 4a0k 4a0l 4a0l

共 11 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DDB2_DANRE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 19–382； UniProt 60–423 作者链 D； PDB构建体 19–382； UniProt 60–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4a0b
沉积日期 deposition_date2011-09-08
结构标题 titleStructure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.8 A resolution (CPD 4)
关键词 keywordsDNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA DAMAGE REPAIR; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4a0b__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4a0b__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4a0b__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）39.86 Å
Rg（电子密度）38.76 Å
总 Rg39.21 Å
原子数11970
残基数1475
排除体积211830 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4a0b__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4a0b__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id4a0bA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4a0bA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4a0bA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4a0bA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily910 —
结构域编号 domain_id4a0bB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3280 —
结构域编号 domain_id4a0bB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4a0bC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4a0bC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4a0bC03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4a0bC04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily910 —
结构域编号 domain_id4a0bD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3280 —
结构域编号 domain_id4a0bD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
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7. 引用文献 (1)