SAXSdb — 4a0l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） CULLIN-4B × 1 （Q13620） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1 × 1 （P62878） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） CULLIN-4B × 1 （Q13620） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1 × 1 （P62878） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–1144； UniProt 1–1140 作者链 C； PDB构建体 5–1144； UniProt 1–1140

DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2

DANIO RERIO

UniProt Q2YDS1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） CULLIN-4B × 1 （Q13620） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1 × 1 （P62878） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） CULLIN-4B × 1 （Q13620） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1 × 1 （P62878） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDB2_DANRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 19–382； UniProt 60–423 作者链 D； PDB构建体 19–382； UniProt 60–423

CULLIN-4B

HOMO SAPIENS

UniProt Q13620

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1 × 1 （P62878） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1 × 1 （P62878） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL4B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–726； UniProt 192–913 作者链 H； PDB构建体 5–726； UniProt 192–913

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1

MUS MUSCULUS

UniProt P62878

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） CULLIN-4B × 1 （Q13620） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 × 1 （Q16531） DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2 × 1 （Q2YDS1） CULLIN-4B × 1 （Q13620） 12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX × 1 12 BP DNA DUPLEX × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 2–98； UniProt 12–108 作者链 I； PDB构建体 2–98； UniProt 12–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4a0l
沉积日期 deposition_date	2011-09-09
结构标题 title	Structure of DDB1-DDB2-CUL4B-RBX1 bound to a 12 bp abasic site containing DNA-duplex
关键词 keywords	LIGASE-DNA-BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; LIGASE/DNA-BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4a0l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4a0l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4a0l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.48 Å
Rg（电子密度）	53.30 Å
总 Rg	53.46 Å
原子数	17737
残基数	2213
排除体积	315310 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4a0l__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4a0l__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1
分子量 formula_weight	127425.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	35553

GGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2
分子量 formula_weight	43418.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MHHHHHHRRLVPRGSGGRTGGQKKVGQTSILHYIYKSSLGQSIHAQLRQCLQEPFIRSLKSYKLHRTASPFDRRVTSLEWHPTHPTTVAVGSKGGDIILWDYDVQNKTSFIQGMGPGDAITGMKFNQFNTNQLFVSSIRGATTLRDFSGSVIQVFAKTDSWDYWYCCVDVSVSRQMLATGDSTGRLLLLGLDGHEIFKEKLHKAKVTHAEFNPRCDWLMATSSVDATVKLWDLRNIKDKNSYIAEMPHEKPVNAAYFNPTDSTKLLTTDQRNEIRVYSSYDWSKPDQIIIHPHRQFQHLTPIKATWHPMYDLIVAGRYPDDQLLLNDKRTIDIYDANSGGLVHQLRDPNAAGIISLNKFSPTGDVLASGMGFNILIWNREDT

来源 Source

来源生物 organism	DANIO RERIO
通用名 common_name	ZEBRAFISH
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CULLIN-4B
分子量 formula_weight	84992.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H

GGGRGSAKKLVIKNFKDKPKLPENYTDETWQKLKEAVEAIQNSTSIKYNLEELYQAVENLCSYKISANLYKQLRQICEDHIKAQIHQFREDSLDSVLFLKKIDRCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSMLPSIWDMGLELFRAHIISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSDLQIYQDSFEQRFLEETNRLYAAEGQKLMQEREVPEYLHHVNKRLEEEADRLITYLDQTTQKSLIATVEKQLLGEHLTAILQKGLNNLLDENRIQDLSLLYQLFSRVRGGVQVLLQQWIEYIKAFGSTIVINPEKDKTMVQELLDFKDKVDHIIDICFLKNEKFINAMKEAFETFINKRPNKPAELIAKYVDSKLRAGNKEATDEELEKMLDKIMIIFRFIYGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVDAEKSMLSKLKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMIQFKQYMQNQNVPGNIELTVNILTMGYWPTYVPMEVHLPPEMVKLQEIFKTFYLGKHSGRKLQWQSTLGHCVLKAEFKEGKKELQVSLFQTLVLLMFNEGEEFSLEEIKQATGIEDGELRRTLQSLACGKARVLAKNPKGKDIEDGDKFICNDDFKHKLFRIKINQIQMKETVEEQASTTERVFQDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLSHNLLVSEVYNQLKFPVKPADLKKRIESLIDRDYMERDKENPNQYNYIA

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1
分子量 formula_weight	11330.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,I

MGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	12 BP THF CONTAINING DNA DUPLEX
分子量 formula_weight	3498.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R,T

GCTACTNACGCA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	12 BP DNA DUPLEX
分子量 formula_weight	3702.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	S,U

TGCGTAAGTAGC

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晶胞边长 a length_a	130.800 Å
晶胞边长 b length_b	155.840 Å
晶胞边长 c length_c	255.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.400 Å
最低分辨率 resolution_low	29.862 Å
R 因子 r_factor	0.3180
R_work r_work	0.3178
R_free r_free	0.3199

Structure of DDB1-DDB2-CUL4B-RBX1 bound to a 12 bp abasic site containing DNA-duplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CULLIN-4B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RBX1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4a0l__assembly_1__model_1

4a0l__assembly_1__model_1 | I(q)

4a0l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)