SAXSdb — 4abm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–97 链 B； UniProt 23–97	片段：CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.285
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–97	片段：CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.285
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 23–97	片段：CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ABM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3C3Q ALIX Bro1-domain:CHMIP4B co-crystal structure 提交 2008-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 207–224（18 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 8,000, 100mM Na MES pH 6.5, 200mM Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.290
3UM3 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP4B 提交 2011-11-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 121–224（104 aa）片段：C-terminal tail of CHMP4B 121-224	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；273 K；1.0M sodium citrate, 0.1M imidazol, 15% glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 3.80 Å R-free 0.243
5MK2 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4B peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 205–224（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6K	分辨率 1.70 Å R-free 0.203

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHM4B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–79； UniProt 23–97 作者链 B； PDB构建体 5–79； UniProt 23–97 作者链 C； PDB构建体 5–79； UniProt 23–97 作者链 D； PDB构建体 5–79； UniProt 23–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4abm
沉积日期 deposition_date	2011-12-08
结构标题 title	Crystal Structure of CHMP4B hairpin
关键词 keywords	CELL CYCLE, PROTEIN TRANSPORT, HIV-1; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.68 Å
零角强度 I(0) i0	24162300.00
分子量 molecular_weight	36648.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45907 Å³
包络体积 envelope_volume	61050 Å³
水化壳体积 shell_volume	23225 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.92 Å
包络 Rg envelope_rg	23.18 Å
形状 Rg shape_rg	22.64 Å
总 Rg total_rg	23.64 Å
总原子数 total_atoms	2568
残基数 n_residues	313
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8184
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	0.097
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2915000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.572; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4abmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

结构域编号 domain_id	4abmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

结构域编号 domain_id	4abmC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

结构域编号 domain_id	4abmD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.590 Å
晶胞边长 b length_b	71.430 Å
晶胞边长 c length_c	123.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	61.860 Å
R 因子 r_factor	0.2304
R_work r_work	0.2276
R_free r_free	0.2852

描述 description	CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
分子量 formula_weight	9249.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2830

Crystal Structure of CHMP4B hairpin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	137

fit	/app/data/saxs_computation/ab/4abm/4abm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ab/4abm/4abm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ab/4abm/4abm.dat