4agd

CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH SUNITINIB (SU11248) (N-2-diethylaminoethyl)-5-((Z)-(5- fluoro-2-oxo-1H-indol-3-ylidene)methyl)-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3- carboxamide)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 787–939 链 A； UniProt 990–1171	片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171 突变：YES	B49 N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 13 DEGREES C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING: 0.222 M SODIUM CITRATE (PH 6.3) AND 17% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4AGD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VR2 HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2 (KDR) KINASE DOMAIN 提交 1998-12-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：KINASE DOMAIN 链 A 990–1171（182 aa）片段：KINASE DOMAIN	突变：E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.40 Å
1Y6A Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 2-anilino-5-aryl-oxazole inhibitor 提交 2004-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）	未记录	AAZ N-[5-(ETHYLSULFONYL)-2-METHOXYPHENYL]-5-[3-(2-PYRIDINYL)PHENYL]-1,3-OXAZOL-2-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.217
1Y6B Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 2-anilino-5-aryl-oxazole inhibitor 提交 2004-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）	未记录	AAX N-(CYCLOPROPYLMETHYL)-4-(METHYLOXY)-3-({5-[3-(3-PYRIDINYL)PHENYL]-1,3-OXAZOL-2-YL}AMINO)BENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1YWN Vegfr2 in complex with a novel 4-amino-furo[2,3-d]pyrimidine 提交 2005-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：Kinase Domain	突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	LIF N-{4-[4-AMINO-6-(4-METHOXYPHENYL)FURO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL]PHENYL}-N'-[2-FLUORO-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.71 Å R-free 0.230
2M59 Spatial structure of dimeric VEGFR2 membrane domain in DPC micelles 提交 2013-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 B 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM VEGFR2tm, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VEGFR2tm, 48 mM [U-100% 2H] DPC, 20 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 3 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MET NMR spatial structure of the trimeric mutant TM domain of VEGFR2 receptor. 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 B 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 C 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795	突变：V11E 突变：V11E 突变：V11E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.6mM VEGFR-2tm769-1, 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VEGFR-2tm769-2, 120mM [U-100% 2H] DPC-3, 20mM [U-99% 2H] sodium acetate-4, 3mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MEU NMR spatial structure of mutant dimeric TM domain of VEGFR2 receptor 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 B 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795	突变：G12E, F19E 突变：G12E, F19E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.6mM v2e_707-1, 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] v2e_707-2, 120mM [U-100% 2H] DPC-3, 20mM [U-99% 2H] sodium acetate-4, 3mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2OH4 Crystal structure of Vegfr2 with a benzimidazole-urea inhibitor 提交 2007-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–940（135 aa）片段：kinase domain 链 A 992–1171（180 aa）片段：kinase domain	突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 GIG METHYL (5-{4-[({[2-FLUORO-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL)CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
2P2H Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridinyl-triazine inhibitor 提交 2007-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	994 4-(2-anilinopyridin-3-yl)-N-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1,3,5-triazin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
2P2I Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a nicotinamide inhibitor 提交 2007-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	608 N-(4-phenoxyphenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]nicotinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
2P2I Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a nicotinamide inhibitor 提交 2007-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	608 N-(4-phenoxyphenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]nicotinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
2QU5 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzimidazole inhibitor 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	276 4-[[2-[[4-chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl]amino]-3H-benzimidazol-5-yl]oxy]-N-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；PEG 4000, lithum sulfate, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.95 Å R-free 0.251
2QU6 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzoxazole inhibitor 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 857 4-({2-[(4-chloro-3-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}phenyl)amino]-1,3-benzoxazol-5-yl}oxy)-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
2QU6 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzoxazole inhibitor 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	857 4-({2-[(4-chloro-3-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}phenyl)amino]-1,3-benzoxazol-5-yl}oxy)-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
2RL5 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a 2,3-dihydro-1,4-benzoxazine inhibitor 提交 2007-10-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：protein kinase domain, residues 940-989 deleted 链 A 990–1171（182 aa）片段：protein kinase domain, residues 940-989 deleted	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2RL N-(4-CHLOROPHENYL)-7-[(6,7-DIMETHOXYQUINOLIN-4-YL)OXY]-2,3-DIHYDRO-1,4-BENZOXAZINE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；PEG 4000, lithium sulfate, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.233
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326 链 N 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326	未记录	CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326 链 O 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326	未记录	CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1X CRYSTAL STRUCTURE OF VEGF-C IN COMPLEX WITH DOMAINS 2 AND 3 OF VEGFR2 IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326	未记录	HG MERCURY (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；100 MM NA-ACETATE BUFFER, PH 4.4-4.8, 50 MM CSCL, 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600	分辨率 3.10 Å R-free 0.334
2XIR Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with PF- 00337210 (N,2-dimethyl-6-(7-(2-morpholinoethoxy)quinolin-4-yloxy) benzofuran-3-carboxamide) 提交 2010-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-939,990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-939,990-1171	突变：YES 突变：YES	00J N,2-DIMETHYL-6-{[7-(2-MORPHOLIN-4-YLETHOXY)QUINOLIN-4-YL]OXY}-1-BENZOFURAN-3-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；286 K；PROTEIN PRODUCTION, PROTEIN PURIFICATION, AND COCRYSTALLIZATION WERE PERFORMED AS PREVIOUSLY DESCRIBED (PUBLISHED INTERNATIONAL PATENT APPLICATION WO 2004/092217 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 13 DEGREES C. 2 MICROLITERS OF A 7.7 MG/ML PROTEIN SOLUTION (IN 50 MM HEPES 7.5, 30 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, AND 5% DMSO) WAS MIXED WITH 2 MICROLITERS OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 20% PEG 6K AND 5% MPD) AND SUSPENDED OVER 1 ML OF CRYSTALLIZATION SOLUTION PLUS 5 MICROLITERS BME.	分辨率 1.50 Å R-free 0.238
3B8Q Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	900 N-(4-chlorophenyl)-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.276
3B8Q Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	900 N-(4-chlorophenyl)-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.276
3B8R Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 887 N-cyclopropyl-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3B8R Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	887 N-cyclopropyl-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3BE2 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzamide inhibitor 提交 2007-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain, residues 815-939 and 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain, residues 815-939 and 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	RAJ N-{3-[3-(DIMETHYLAMINO)PROPYL]-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL}-4-METHYL-3-[(3-PYRIMIDIN-4-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
3C7Q Structure of VEGFR2 kinase domain in complex with BIBF1120 提交 2008-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 5 XIN methyl (3Z)-3-{[(4-{methyl[(4-methylpiperazin-1-yl)acetyl]amino}phenyl)amino](phenyl)methylidene}-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-6-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.1M HEPES, 2.1M Ammonium Sulphate, 3% PEG MME 550, 10mM Beta-Mercaptoethanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3CJF Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 3,4,5-trimethoxy aniline containing pyrimidine 提交 2008-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：kinase domain; residues 806-939 and 994-1168 链 A 994–1168（175 aa）片段：kinase domain; residues 806-939 and 994-1168	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 SAV N~4~-(3-methyl-1H-indazol-6-yl)-N~2~-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.15 Å R-free 0.258
3CJG Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 3,4,5-trimethoxy aniline containing pyrimidine 提交 2008-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：Kinase domain; residues 806-939 and 994-1168 链 A 994–1168（175 aa）片段：Kinase domain; residues 806-939 and 994-1168	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 KIM N~4~-methyl-N~4~-(3-methyl-1H-indazol-6-yl)-N~2~-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
3CP9 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 A 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C19 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-1-(3,3-dimethylindolin-6-yl)-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3CP9 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 B 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C19 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-1-(3,3-dimethylindolin-6-yl)-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3CPB Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a bisamide inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 A 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C92 N'-(6-aminopyridin-3-yl)-N-(2-cyclopentylethyl)-4-methyl-benzene-1,3-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
3CPB Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a bisamide inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 B 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C92 N'-(6-aminopyridin-3-yl)-N-(2-cyclopentylethyl)-4-methyl-benzene-1,3-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
3CPC Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 A 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C52 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-4-methyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3CPC Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 B 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C52 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-4-methyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3DTW Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzisoxazole inhibitor 提交 2008-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A96 6-chloro-N-pyrimidin-5-yl-3-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}-1,2-benzisoxazole-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, HEPES, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3DTW Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzisoxazole inhibitor 提交 2008-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A96 6-chloro-N-pyrimidin-5-yl-3-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}-1,2-benzisoxazole-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, HEPES, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3EFL Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with motesanib 提交 2008-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171	突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	706 N-(3,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3EFL Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with motesanib 提交 2008-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171	突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	706 N-(3,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3EWH Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridyl-pyrimidine benzimidazole inhibitor 提交 2008-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 突变：C817A, V916T, E990V	K11 N-[4-({3-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl}oxy)naphthalen-1-yl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
3KVQ Crystal structure of VEGFR2 extracellular domain D7 提交 2009-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 657–764（108 aa）片段：Extracellular Domain 7	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；Succinic Acid 0.2M, pH7 PEG3350 18%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3S35 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 220–338（119 aa）片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；100 mM CdCl2, 100 mM Na acetate, pH 4.6, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3S36 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 220–338（119 aa）片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M imidazole, pH 6.5; 0.1 M CaCl2, 40% PEG 1500, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.332
3S37 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 220–338（119 aa）片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 0.1 M CaCl2, 40% PEG 1500, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
3U6J Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyrazolone inhibitor 提交 2011-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–1171（357 aa）片段：unp residues 815-1171	突变：V916T, E990V	03X N-{4-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]-3-fluorophenyl}-1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；17% PEG 5000 monomethyl ether, 75 mM ammonium sulfate, 25 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, 8% isopropanol, 40 mM beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.230
3V2A VEGFR-2/VEGF-A COMPLEX STRUCTURE 提交 2011-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–764（764 aa）片段：UNP residues 1-764	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.300
3V6B VEGFR-2/VEGF-E complex structure 提交 2011-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 132–548（417 aa）片段：VEGFR-2, UNP residues 132-548	突变：Ig-domains 2-3	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 6.5), 0.8 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.276
3VHE Crystal structure of human VEGFR2 kinase domain with a novel pyrrolopyrimidine inhibitor. 提交 2011-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 811–1169（359 aa）片段：KINASE DOMAIN (UNP RESIDUES 811-1169)	未记录	42Q 1-{2-fluoro-4-[(5-methyl-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-yl)oxy]phenyl}-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.3M tri-sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
3VHK Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a back pocket binder 提交 2011-08-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：UNP RESIDUES 806-1171	未记录	BPK {3-[(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)methoxy]phenyl}methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM HEPES, 880-1440mM tri-sodium citrate, pH 7.0-8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.49 Å R-free 0.262
3VID Crystal structure of human VEGFR2 kinase domain with Compound A. 提交 2011-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 813–1168（356 aa）片段：KINASE DOMAIN (UNP RESIDUES 813-1168)	未记录	4TT 4,5,6,11-tetrahydro-1H-pyrazolo[4',3':6,7]cyclohepta[1,2-b]indole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1.3M TRI-SODIUM CITRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3VNT Crystal Structure of the Kinase domain of Human VEGFR2 with a [1,3]thiazolo[5,4-b]pyridine derivative 提交 2012-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：UNP residues 806-1171	突变：truncated residues 940-989	0JA 2-chloro-3-(1-cyanocyclopropyl)-N-[5-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino][1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-5-yl}oxy)-2-fluorophenyl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM HEPES, 880-1440mM tri-sodium citrate, pH 7.0-8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.64 Å R-free 0.192
3VO3 Crystal Structure of the Kinase domain of Human VEGFR2 with imidazo[1,2-b]pyridazine derivative 提交 2012-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：UNP residues 806-1171	突变：truncated residues 940-989	0KF N-[3-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]imidazo[1,2-b]pyridazin-6-yl}oxy)phenyl]-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M trisHCl pH 8.5, 1.2M tri-sodium citrate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.52 Å R-free 0.182
3WZD KDR in complex with ligand lenvatinib 提交 2014-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 814–1172（359 aa）片段：kinase domain (UNP RESIDUES 814-940, 991-1172)	突变：T940V	LEV 4-{3-chloro-4-[(cyclopropylcarbamoyl)amino]phenoxy}-7-methoxyquinoline-6-carboxamide × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；277 K；0.1M CHES,5-20% PEG 8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.57 Å R-free 0.212
3WZE KDR in complex with ligand sorafenib 提交 2014-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 814–1172（359 aa）片段：kinase domain (UNP RESIDUES 814-940, 991-1172)	突变：T940V	BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；10-25% PEG 3350, Na3Citrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
4AG8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE VEGFR2 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH AXITINIB (AG-013736) (N-Methyl-2-(3-((E)-2-pyridin-2-yl-vinyl)-1H- indazol-6-ylsulfanyl)-benzamide) 提交 2012-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-940,990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-940,990-1171	突变：YES 突变：YES	AXI AXITINIB × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；CRYSTALS WERE GROWN AT 4 OR 13 C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION BY MIXING 2 MICORLITERS OF PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX SOLUTION WITH 2 MICROLITERS OF MOTHER LIQUOR (100 MM HEPES (PH 7.5), 200 MM AMMONIUM SULFATE, 5% (V/V) MPD, AND 15-20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (MW = 6000)). BEFORE SEALING THE COVERSLIPS ABOVE THE RESERVOIRS, BETA-MERCAPTOETHANOL WAS ADDED TO THE RESERVOIRS TO A FINAL CONCENTRATION OF 60 MM. THIS PROCEDURE PRODUCED MICROCRYSTALS THAT WERE SUBSEQUENTLY USED TO SEED MORE CRYSTALLIZATION DROPS AFTER 12-18 HOURS OF EQUILIBRATION.	分辨率 1.95 Å R-free 0.241
4AGC CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH AXITINIB (AG-013736) (N-Methyl-2-(3-((E)-2-pyridin-2-yl- vinyl)-1H-indazol-6-ylsulfanyl)-benzamide) 提交 2012-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 787–939（153 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171	突变：YES 突变：YES	AXI AXITINIB × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；286 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 13 DEGREES C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING: 0.2M SODIUM CITRATE (PH 6.0 -6.5) AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MW = 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
4ASD Crystal Structure of VEGFR2 (Juxtamembrane and Kinase Domains) in Complex with SORAFENIB (BAY 43-9006) 提交 2012-04-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 787–939（153 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939 AND RESIDUES 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939 AND RESIDUES 990-1171	突变：YES 突变：YES	BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING APPROXIMATELY: 0.2M SODIUM CITRATE AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350., pH 6.2	分辨率 2.03 Å R-free 0.230
4ASE CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH TIVOZANIB (AV-951) 提交 2012-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 787–1171（385 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-1171	突变：YES	AV9 TIVOZANIB × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C BY THE USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING APPROXIMATELY: 0.2M SODIUM CITRATE AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350., pH 6.2	分辨率 1.83 Å R-free 0.231
5EW3 Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase Domain in complex with AAL993 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：kinase domain, residues 806-1171	突变：E990V	5T2 2-(pyridin-4-ylmethylamino)-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.1M MES pH6.5, 8% w/v PEG 8000, 0.02M LITHIUM ACETATE	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5EW3 Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase Domain in complex with AAL993 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 806–1171（366 aa）片段：kinase domain, residues 806-1171	突变：E990V	5T2 2-(pyridin-4-ylmethylamino)-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.1M MES pH6.5, 8% w/v PEG 8000, 0.02M LITHIUM ACETATE	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5OYJ Crystal structure of VEGFR-2 domains 4-5 in complex with DARPin D4b 提交 2017-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 326–549（224 aa）链 D 326–549（224 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；0.2 M calcium acetate monohydrate, 15% PEG 4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.4, cryoprotected with 15% trehalose	分辨率 2.38 Å R-free 0.229
6GQO Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 18) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）链 A 991–1171（181 aa）	未记录	F82 2-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxy-2-methoxy-phenyl]-~{N}-(1-propan-2-ylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；8 % PEG 8000, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.87 Å R-free 0.207
6GQP Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 23) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）	未记录	F88 ~{N}-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxyphenyl]-2-(1-ethylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；7 % PEG 8000, 0.1 M PCTP (sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, bis-tris propane) pH 7.8	分辨率 2.09 Å R-free 0.234
6GQQ Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 35) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）链 A 991–1171（181 aa）	未记录	F8B ~{N}-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxyphenyl]-2-(4-propan-2-yl-1,2,3-triazol-1-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；5 % PEG 8000, 0.1 M PCTP (sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, bis-tris propane) pH 7.2	分辨率 1.52 Å R-free 0.204
6XVJ Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor 提交 2020-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：protein kinase domain (807-1171 del[940-989])	突变：E990V	O35 ~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]-5-methyl-phenyl]-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；25 % PEG550MME, 0.1 M NaCl, 0.1 M TRIS buffer pH 8.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.215
6XVK Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor bearing an acrylamide 提交 2020-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：protein kinase domain (807-1171 del[940-989])	突变：E990V	O3E ~{N}-(4,4-dimethyl-2-prop-1-ynyl-3,1-benzoxazin-6-yl)-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；11 % PEG8000, 0.1 M PCTP buffer pH 6.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.244

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGFR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–171； UniProt 787–939 作者链 A； PDB构建体 172–353； UniProt 990–1171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4agd
沉积日期 deposition_date	2012-01-26
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH SUNITINIB (SU11248) (N-2-diethylaminoethyl)-5-((Z)-(5- fluoro-2-oxo-1H-indol-3-ylidene)methyl)-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3- carboxamide)
关键词 keywords	TRANSFERASE, ANGIOGENESIS, NUCLEOTIDE-BINDING, INHIBITOR, PHOSPHORYLATION, TRANSMEMBRANE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.60 Å
零角强度 I(0) i0	20127100.00
分子量 molecular_weight	34947.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44148 Å³
包络体积 envelope_volume	50844 Å³
水化壳体积 shell_volume	21445 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.6 Å
壳层 Rg shell_rg	26.20 Å
包络 Rg envelope_rg	19.91 Å
形状 Rg shape_rg	19.60 Å
总 Rg total_rg	20.53 Å
总原子数 total_atoms	2459
残基数 n_residues	304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.429
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
分子量 formula_weight	40258.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2546

MGGHHHHHHGLEVLFQGPRTVKRANGGELKTGYLSIVMDPDELPLDEHCERLPYDASKWEFPRDRLKLGKPLGRGAFGQVIEADAFGIDKTATCRTVAVKMLKEGATHSEHRALMSELKILIHIGHHLNVVNLLGACTKPGGPLMVIVEFCKFGNLSTYLRSKRNEFVPYKVAPEDLYKDFLTLEHLICYSFQVAKGMEFLASRKCIHRDLAARNILLSEKNVVKICDFGLARDIYKDPDYVRKGDARLPLKWMAPETIFDRVYTIQSDVWSFGVLLWEIFSLGASPYPGVKIDEEFCRRLKEGTRMRAPDYTTPEMYQTMLDCWHGEPSQRPTFSELVEHLGNLLQANAQQD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide
分子量 formula_weight	398.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	87

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4agda_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4agdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4agdA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	134.694 Å
晶胞边长 b length_b	56.980 Å
晶胞边长 c length_c	52.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	37.690 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.3070

fit	/app/data/saxs_computation/ag/4agd/4agd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ag/4agd/4agd.pr.out
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