SAXSdb — 4am7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 248–881	片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；19.5% W/V PEG 5000 MME, 0.32 M LI2SO4, 0.1 M MES PH 6.5, 0.002 M ADP, 0.005 M MGCL2	分辨率 3.25 Å R-free 0.284
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 248–881	片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；19.5% W/V PEG 5000 MME, 0.32 M LI2SO4, 0.1 M MES PH 6.5, 0.002 M ADP, 0.005 M MGCL2	分辨率 3.25 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4AM7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4AM6 C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE 提交 2012-03-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 248–881（634 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18% W/V PEG 5000 MME, 0.28 M LI2SO4, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
4AM6 C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE 提交 2012-03-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 248–881（634 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18% W/V PEG 5000 MME, 0.28 M LI2SO4, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 255–881（627 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 255–881（627 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)	分辨率 4.00 Å R-free 0.242
8A5A Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80 提交 2022-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 1–881（881 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 1–881（881 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–655； UniProt 248–881 作者链 B； PDB构建体 22–655； UniProt 248–881

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4am7
沉积日期 deposition_date	2012-03-07
结构标题 title	ADP-BOUND C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE
关键词 keywords	;NUCLEAR PROTEIN, CHROMATIN REMODELLING COMPLEX, ATP-BINDING PROTEIN, NUCLEAR ACTIN-RELATED PROTEIN, TRANSCRIPTION REGULATION, DNA REPAIR ;; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.09 Å
零角强度 I(0) i0	302334000.00
分子量 molecular_weight	143480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180380 Å³
包络体积 envelope_volume	249390 Å³
水化壳体积 shell_volume	53048 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.28 Å
包络 Rg envelope_rg	39.79 Å
形状 Rg shape_rg	40.09 Å
总 Rg total_rg	40.32 Å
总原子数 total_atoms	10126
残基数 n_residues	1246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	302300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6355
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.433
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	85150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.875; Smooth: 0.806

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
分子量 formula_weight	74813.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10126

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMHSEASAAPLNDEIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4am7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4am7A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	4am7A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	580 —

结构域编号 domain_id	4am7B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4am7B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	4am7B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	580 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	137.718 Å
晶胞边长 b length_b	89.795 Å
晶胞边长 c length_c	149.647 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	19.810 Å
R 因子 r_factor	0.2226
R_work r_work	0.2192
R_free r_free	0.2842

fit	/app/data/saxs_computation/am/4am7/4am7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/am/4am7/4am7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/am/4am7/4am7.dat

ADP-BOUND C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction