4am9

CRYSTAL STRUCTURE OF THE YERSINIA ENTEROCOLITICA TYPE III SECRETION CHAPERONE SYCD IN COMPLEX WITH A PEPTIDE OF THE TRANSLOCATOR YOPD

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHAPERONE SYCD

YERSINIA ENTEROCOLITICA

UniProt O87496

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 YOP EFFECTOR YOPD × 1 (Q9R2G2) SULFATE ION × 1 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 5 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O87496_YEREN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–148; UniProt 21–163

YOP EFFECTOR YOPD

物种未注明

UniProt Q9R2G2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 CHAPERONE SYCD × 1 (O87496) SULFATE ION × 1 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 5 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9R2G2_YEREN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–11; UniProt 56–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4am9
沉积日期 deposition_date2012-03-08
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE YERSINIA ENTEROCOLITICA TYPE III SECRETION CHAPERONE SYCD IN COMPLEX WITH A PEPTIDE OF THE TRANSLOCATOR YOPD
关键词 keywords;CHAPERONE, CHAPERONE BINDING DOMAIN, CHAPERONE PEPTIDE COMPLEX, PATHOGENICTIY FACTOR, TRANSLOCATOR, TETRATRICOPEPTIDE REPEAT, TPR, T3SS, VIRULENCE FACTOR ;; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4am9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4am9__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4am9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)16.63 Å
Rg(电子密度)15.77 Å
总 Rg16.98 Å
原子数1151
残基数140
排除体积20672 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4am9__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4am9A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
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7. 引用文献 (1)