4apz

Structure of B. subtilis genomic dUTPase YncF in complex with dU, PPi and Mg in P1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF ;

BACILLUS SUBTILIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
11	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
12	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
13	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
14	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
15	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
16	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2'-DEOXYURIDINE × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YNCF_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 2； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 3； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 4； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 5； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 6； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 7； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 8； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 9； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 A； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 B； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 C； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 D； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 E； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 F； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 G； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 H； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 I； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 J； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 K； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 L； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 M； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 N； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 O； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 P； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 Q； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 R； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 S； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 T； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 U； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 V； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 W； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 X； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 Y； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 Z； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 a； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 b； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 c； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 d； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 e； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 f； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 g； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 h； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 i； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 j； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 k； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 l； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 m； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4apz
沉积日期 deposition_date	2012-04-11
结构标题 title	Structure of B. subtilis genomic dUTPase YncF in complex with dU, PPi and Mg in P1
关键词 keywords	HYDROLASE, YNCF; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4apz__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4apz__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4apz__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.07 Å
Rg（电子密度）	20.81 Å
总 Rg	21.72 Å
原子数	3493
残基数	427
排除体积	62063 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4apz__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4apz__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4apz__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4apz__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4apz__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4apz__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`4apz__assembly_7__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`4apz__assembly_8__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`4apz__assembly_9__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`4apz__assembly_10__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`4apz__assembly_11__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`4apz__assembly_12__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`4apz__assembly_13__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`4apz__assembly_14__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`4apz__assembly_15__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`4apz__assembly_16__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF ;
分子量 formula_weight	16431.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	48

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6,7,8,9,A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m
原子数 atom_count	60911

MTMQIKIKYLDETQTRISKIEQGDWIDLRAAEDVTIKKDEFKLVPLGVAMELPEGYEAHVVPRSSTYKNFGVIQTNSMGVIDESYKGDNDFWFFPAYALRDTEIKKGDRICQFRIMKKMPAVELVEVEHLGNEDRGGLGSTGTK

来源 Source

来源生物 organism	BACILLUS SUBTILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYURIDINE
分子量 formula_weight	228.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4726

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 83 domains

SCOP 2.08 (35 domains)

结构域编号 domain_id	d4apz1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz2_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz4_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz5_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz6_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz7_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz8_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apz9_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apza_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apze_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzo_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzp_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzq_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzr_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzs_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzt_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzu_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzv_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzw_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzx_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzy_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4apzz_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (48 domains)

结构域编号 domain_id	4apz100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz400
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz500
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz600
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz700
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz800
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apz900
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzK00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
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同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzL00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzM00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
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同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzN00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzO00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
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同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzP00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
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同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzQ00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzR00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzT00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzU00
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架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzY00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzZ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apza00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzb00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzc00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzd00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apze00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzf00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzg00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzh00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzi00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzj00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzk00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzl00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	4apzm00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

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晶胞边长 a length_a	97.060 Å
晶胞边长 b length_b	97.070 Å
晶胞边长 c length_c	193.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.72 °
晶胞夹角 β angle_beta	88.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.11 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	36.440 Å
R 因子 r_factor	0.1712
R_work r_work	0.1691
R_free r_free	0.2119

Structure of B. subtilis genomic dUTPase YncF in complex with dU, PPi and Mg in P1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4apz__assembly_7__model_1

4apz__assembly_7__model_1 | I(q)

4apz__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 83 domains

SCOP 2.08 (35 domains)

CATH v4.4 (48 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of B. subtilis genomic dUTPase YncF in complex with dU, PPi and Mg in P1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4apz__assembly_7__model_1

4apz__assembly_7__model_1 | I(q)

4apz__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 83 domains

SCOP 2.08 (35 domains)

CATH v4.4 (48 domains)

7. 引用文献 (1)