SAXSdb — 4aq7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE--TRNA LIGASE

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	E. COLI TRNALEU UAA ISOACCEPTOR × 1 ZINC ION × 1 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDRO-2-FURANYL]METHYL SULFAMATE × 1 LEUCINE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	E. COLI TRNALEU UAA ISOACCEPTOR × 1 ZINC ION × 1 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDRO-2-FURANYL]METHYL SULFAMATE × 1 LEUCINE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYL_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–880； UniProt 1–860 作者链 D； PDB构建体 21–880； UniProt 1–860

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4aq7
沉积日期 deposition_date	2012-04-13
结构标题 title	Ternary complex of E. coli leucyl-tRNA synthetase, tRNA(leu) and leucyl-adenylate analogue in the aminoacylation conformation
关键词 keywords	;LIGASE-RNA COMPLEX, LIGASE, NUCLEOTIDE(ATP)-BINDING, PROTEIN BIOSYNTHESIS, CLASS I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE, ATP-BINDING, METAL-BINDING ;; LIGASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4aq7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4aq7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4aq7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.16 Å
Rg（电子密度）	32.99 Å
总 Rg	33.45 Å
原子数	8543
残基数	939
排除体积	145640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4aq7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4aq7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LEUCINE--TRNA LIGASE
分子量 formula_weight	99516.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	17212

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMQEQYRPEEIESKVQLHWDEKRTFEVTEDESKEKYYCLSMLPYPSGRLHMGHVRNYTIGDVIARYQRMLGKNVLQPIGWDAFGLPAEGAAVKNNTAPAPWTYDNIAYMKNQLKMLGFGYDWSRELATCTPEYYRWEQKFFTELYKKGLVYKKTSAVNWCPNDQTVLANEQVIDGCCWRCDTKVERKEIPQWFIKITAYADELLNDLDKLDHWPDTVKTMQRNWIGRSEGVEITFNVNDYDNTLTVYTTRPDTFMGCTYLAVAAGHPLAQKAAENNPELAAFIDECRNTKVAEAEMATMEKKGVDTGFKAVHPLTGEEIPVWAANFVLMEYGTGAVMAVPGHDQRDYEFASKYGLNIKPVILAADGSEPDLSQQALTEKGVLFNSGEFNGLDHEAAFNAIADKLTAMGVGERKVNYRLRDWGVSRQRYWGAPIPMVTLEDGTVMPTPDDQLPVILPEDVVMDGITSPIKADPEWAKTTVNGMPALRETDTFDTFMESSWYYARYTCPQYKEGMLDSEAANYWLPVDIYIGGIEHAIMHLLYFRFFHKLMRDAGMVNSDEPAKQLLCQGMVLADAFYYVGENGERNWVSPVDAIVERDEKGRIVKAKDAAGHELVYTGMSKMSKSKNNGIDPQVMVERYGADTVRLFMMFASPADMTLEWQESGVEGANRFLKRVWKLVYEHTAKGDVAALNVDALTENQKALRRDVHKTIAKVTDDIGRRQTFNTAIAAIMELMNKLAKAPTDGEQDRALMQEALLAVVRMLNPFTPHICFTLWQELKGEGDIDNAPWPVADEKAMVEDSTLVVVQVNGKVRAKITVPVDATEEQVRERAGQEHLVAKYLDGVTVRKVIYVPGKLLNLVVG

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E. COLI TRNALEU UAA ISOACCEPTOR
分子量 formula_weight	28052.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

GCCCGGAUGGUGGAAUCGGUAGACACAAGGGAUUUAAAAUCCCUCGGCGUUCGCGCUGUGCGGGUUCAAGUCCCGCUCCGGGUACCA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDRO-2-FURANYL]METHYL SULFAMATE
分子量 formula_weight	346.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	LEUCINE
分子量 formula_weight	131.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	169

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4aq7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	4aq7A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	740 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain

结构域编号 domain_id	4aq7A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 —

结构域编号 domain_id	4aq7A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	730 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1

结构域编号 domain_id	4aq7A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 —

结构域编号 domain_id	4aq7D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	4aq7D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	740 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain

结构域编号 domain_id	4aq7D03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 —

结构域编号 domain_id	4aq7D04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	730 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1

结构域编号 domain_id	4aq7D05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 —

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晶胞边长 a length_a	158.660 Å
晶胞边长 b length_b	69.200 Å
晶胞边长 c length_c	228.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	39.690 Å
R 因子 r_factor	0.1908
R_work r_work	0.1875
R_free r_free	0.2503

Ternary complex of E. coli leucyl-tRNA synthetase, tRNA(leu) and leucyl-adenylate analogue in the aminoacylation conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE--TRNA LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4aq7__assembly_1__model_1

4aq7__assembly_1__model_1 | I(q)

4aq7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Ternary complex of E. coli leucyl-tRNA synthetase, tRNA(leu) and leucyl-adenylate analogue in the aminoacylation conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE--TRNA LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4aq7__assembly_1__model_1

4aq7__assembly_1__model_1 | I(q)

4aq7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)