SAXSdb — 4avv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERUM AMYLOID P-COMPONENT

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–223 链 B； UniProt 20–223 链 C； UniProt 20–223 链 D； UniProt 20–223 链 E； UniProt 20–223	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ACT ACETATE ION × 8 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 5 CD CADMIUM ION × 35 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；PH 4.6	分辨率 1.60 Å R-free 0.175

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4AVV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GYK Serum Amyloid P Component co-crystallised with MOBDG at neutral pH 提交 2002-04-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 9 CDG METHYL 4,6-O-[(1R)-1-CARBOXYETHYLIDENE]-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.224
1LGN DECAMERIC DAMP COMPLEX OF HUMAN SERUM AMYLOID P COMPONENT 提交 1996-12-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 D5M 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；3 + 3 UL HANGING DROPS AT 277K PROTEIN SOLUTION: 20 MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.0, 140 MM NACL, 20 MM DAMP, 0.02 % NA-AZIDE. RESERVOIR SOLUTION: 100 MM BIS-TRIS PROPANE- HCL PH 8.0, 20 MM CALCIUM CHLORIDE, 12-14 % (W/V) POLYETHYLENEGLYCOL 4000., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
1SAC THE STRUCTURE OF PENTAMERIC HUMAN SERUM AMYLOID P COMPONENT 提交 1994-01-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2A3W Decameric structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2-carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；PEG 4000, PEG 400, sodium acetate, calcium acetate, sorbitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
2A3W Decameric structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2-carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 K 20–223（204 aa）链 L 20–223（204 aa）链 M 20–223（204 aa）链 N 20–223（204 aa）链 O 20–223（204 aa）链 P 20–223（204 aa）链 Q 20–223（204 aa）链 R 20–223（204 aa）链 S 20–223（204 aa）链 T 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；PEG 4000, PEG 400, sodium acetate, calcium acetate, sorbitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
2A3X Decameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy- 2-methyl-1,3-dioxane]- 5-yloxycarbonyl}-piperazine 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPK BIS-1,2-{[(Z)-2CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBONYL}-PIPERAZINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；sodium acetate, calcium acetate, PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
2A3Y Pentameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane. 提交 2005-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；sodium actetate, calcium acetate, PEG 8000, PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2W08 The structure of serum amyloid P component bound to 0-phospho- threonine 提交 2008-08-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TPO PHOSPHOTHREONINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.06M TRIS-HCL PH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CACL2, 0.08M NACL, 0.1% NAN3, 14.2MG/ML PROTEIN, 50MM LIGAND	分辨率 1.70 Å R-free 0.176
3D5O Structural recognition and functional activation of FcrR by innate pentraxins 提交 2008-05-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2.0 M NH4SO4, 5% iso-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3KQR The structure of serum amyloid p component bound to phosphoethanolamine 提交 2009-11-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 5 CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.06M TRIS-HCL pH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3,14.2mg/ml Protein, 0.05M Ligand, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.161
4AVS Structure of N-Acetyl-L-Proline bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 10 N7P 1-ACETYL-L-PROLINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.06 M TRIS-HCL, PH 8, 16% PEG 550 MME, 0.01 M CACL2, 0.08 M NACL AND 0.1% NAN3	分辨率 1.40 Å R-free 0.170
4AVT Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；60MM TRIS-HCL, 80MM NACL, 15% PEG550 MME, pH 7.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.197
4AVT Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；60MM TRIS-HCL, 80MM NACL, 15% PEG550 MME, pH 7.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.197
4AYU Structure of N-Acetyl-D-Proline bound to serum amyloid P component 提交 2012-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 N8P N-ACETYL-D-PROLINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；60 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10 MM CACL2, 84 MM NACL, 20% GLYCEROL V/V, 17% PEG550 MME V/V	分辨率 1.50 Å R-free 0.168

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAMP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 B； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 C； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 D； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 E； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4avv
沉积日期 deposition_date	2012-05-29
结构标题 title	Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component
关键词 keywords	SUGAR BINDING PROTEIN, LECTIN, METAL-BINDING; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.71 Å
零角强度 I(0) i0	242301000.00
分子量 molecular_weight	125920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156140 Å³
包络体积 envelope_volume	197620 Å³
水化壳体积 shell_volume	44008 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.71 Å
包络 Rg envelope_rg	34.86 Å
形状 Rg shape_rg	35.64 Å
总 Rg total_rg	36.51 Å
总原子数 total_atoms	8673
残基数 n_residues	1020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.5 Å
Rg (实空间) rg_real	36.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	242300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9003
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	55.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.003
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.798
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	90040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.991

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SERUM AMYLOID P-COMPONENT
分子量 formula_weight	23282.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	10255

HTDLSGKVFVFPRESVTDHVNLITPLEKPLQNFTLCFRAYSDLSRAYSLFSYNTQGRDNELLVYKERVGEYSLYIGRHKVTSKVIEKFPAPVHICVSWESSSGIAEFWINGTPLVKKGLRQGYFVEAQPKIVLGQEQDSYGGKFDRSQSFVGEIGDLYMWDSVLPPENILSAYQGTPLPANILDWQALNYEIRGYVIIKPLVWV

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	2224.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	340.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1401

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d4avva_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d4avvb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d4avvc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d4avvd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d4avve_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4avvA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4avvB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4avvC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4avvD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4avvE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	154.379 Å
晶胞边长 b length_b	108.579 Å
晶胞边长 c length_c	120.263 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	138.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	37.869 Å
R 因子 r_factor	0.1503
R_work r_work	0.1500
R_free r_free	0.1750

fit	/app/data/saxs_computation/av/4avv/4avv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/av/4avv/4avv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/av/4avv/4avv.dat

Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component