4b8c

nuclease module of the yeast Ccr4-Not complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLY(A) RIBONUCLEASE POP2

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 × 2 （P25655） GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR × 2 （P31384）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 × 2 （P25655） GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR × 2 （P31384）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–288； UniProt 146–433 作者链 C； PDB构建体 1–288； UniProt 146–433 作者链 E； PDB构建体 1–288； UniProt 146–433 作者链 F； PDB构建体 1–288； UniProt 146–433

GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1

SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C

UniProt P25655

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	POLY(A) RIBONUCLEASE POP2 × 2 （P39008） GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR × 2 （P31384）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	POLY(A) RIBONUCLEASE POP2 × 2 （P39008） GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR × 2 （P31384）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–249； UniProt 755–1000 作者链 G； PDB构建体 4–249； UniProt 755–1000 作者链 H； PDB构建体 4–249； UniProt 755–1000 作者链 I； PDB构建体 4–249； UniProt 755–1000

GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR

SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C

UniProt P31384

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	POLY(A) RIBONUCLEASE POP2 × 2 （P39008） GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 × 2 （P25655）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	POLY(A) RIBONUCLEASE POP2 × 2 （P39008） GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 × 2 （P25655）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCR4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–727； UniProt 110–837 作者链 J； PDB构建体 1–727； UniProt 111–837 作者链 K； PDB构建体 1–727； UniProt 111–837 作者链 L； PDB构建体 1–727； UniProt 111–837

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4b8c
沉积日期 deposition_date	2012-08-26
结构标题 title	nuclease module of the yeast Ccr4-Not complex
关键词 keywords	HYDROLASE-CELL CYCLE COMPLEX; HYDROLASE/CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4b8c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4b8c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4b8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.06 Å
Rg（电子密度）	45.45 Å
总 Rg	45.26 Å
原子数	12138
残基数	1528
排除体积	217920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4b8c__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4b8c__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
分子量 formula_weight	33303.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,F
原子数 atom_count	24298

SMPPIFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARPIGTFRSKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLELLRKSGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNPQLQQSSQQQQQQQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIYGIDGDQ

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
分子量 formula_weight	28527.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,H,I

RSMSRPVQEMIPLKFFAVDEVSCQINQEGAPKDVVEKVLFVLNNVTLANLNNKVDELKKSLTPNYFSWFSTYLVTQRAKTEPNYHDLYSKVIVAMGSGLLHQFMVNVTLRQLFVLLSTKDEQAIDKKHLKNLASWLGCITLALNKPIKHKNIAFREMLIEAYKENRLEIVVPFVTKILQRASESKIFKPPNPWTVGILKLLIELNEKANWKLSLTFEVEVLLKSFNLTTKSLKPSNFINTPEVIETLSG

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR
分子量 formula_weight	82927.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J,K,L

MNASTAAVNSIGMVPTVGTPVNINVNASNPLLHPHLDDPSLLNNPIWKLQLHLAAVSAQSLGQPNIYARQNAMKKYLATQQAQQAQQQAQQQAQQQVPGPFGPGPQAAPPALQPTDFQQSHIAEASKSLVDCTKQALMEMADTLTDSKTAKKQQPTGDSTPSGTATNSAVSTPLTPKIELFANGKDEANQALLQHKKLSQYSIDEDDDIENRMVMPKDSKYDDQLWHALDLSNLQIFNISANIFKYDFLTRLYLNGNSLTELPAEIKNLSNLRVLDLSHNRLTSLPAELGSCFQLKYFYFFDNMVTTLPWEFGNLCNLQFLGVEGNPLEKQFLKILTEKSVTGLIFYLRDNRPEIPLPHERRFIEINTDGEPQREYDSLQQSTEHLATDLAKRTFTVLSYNTLCQHYATPKMYRYTPSWALSWDYRRNKLKEQILSYDSDLLCLQEVESKTFEEYWVPLLDKHGYTGIFHAKARAKTMHSKDSKKVDGCCIFFKRDQFKLITKDAMDFSGAWMKHKKFQRTEDYLNRAMNKDNVALFLKLQHIPSGDTIWAVTTHLHWDPKFNDVKTFQVGVLLDHLETLLKEETSHNFRQDIKKFPVLICGDFNSYINSAVYELINTGRVQIHQEGNGRDFGYMSEKNFSHNLALKSSYNCIGELPFTNFTPSFTDVIDYIWFSTHALRVRGLLGEVDPEYVSKFIGFPNDKFPSDHIPLLARFEFMKTNTGSKKV

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4b8cA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4b8cB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	4b8cC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4b8cD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4b8cD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

结构域编号 domain_id	4b8cD03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4b8cE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4b8cF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4b8cG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	4b8cH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	4b8cI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	4b8cJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4b8cK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4b8cK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

结构域编号 domain_id	4b8cK03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4b8cL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

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晶胞边长 a length_a	122.650 Å
晶胞边长 b length_b	122.911 Å
晶胞边长 c length_c	126.421 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.47 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	64.22 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.410 Å
最低分辨率 resolution_low	47.951 Å
R 因子 r_factor	0.2351
R_work r_work	0.2333
R_free r_free	0.2697

nuclease module of the yeast Ccr4-Not complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLY(A) RIBONUCLEASE POP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4b8c__assembly_1__model_1

4b8c__assembly_1__model_1 | I(q)

4b8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

nuclease module of the yeast Ccr4-Not complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLY(A) RIBONUCLEASE POP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GLUCOSE-REPRESSIBLE ALCOHOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL EFFECTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4b8c__assembly_1__model_1

4b8c__assembly_1__model_1 | I(q)

4b8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)