4bd1

Neutron structure of a perdeuterated Toho-1 R274N R276N double mutant Beta-lactamase in complex with a fully deuterated boronic acid (BZB)

Method: NEUTRON DIFFRACTION Dmax: 64.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TOHO-1 BETA-LACTAMASE

ESCHERICHIA COLI BL21

UniProt Q47066

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–291 突变:YES BZB BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID × 1 NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;PH 6.5 分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BLT1_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–261; UniProt 31–291

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4bd1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4bd1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4bd1
沉积日期 deposition_date2012-10-04
结构标题 titleNeutron structure of a perdeuterated Toho-1 R274N R276N double mutant Beta-lactamase in complex with a fully deuterated boronic acid (BZB)
关键词 keywordsHYDROLASE, PERDEUTERATED NEUTRON STRUCTURE, EXTENDED-SPECTRUM BETA LACTAMASES, CTX- M-TYPE ESBLS; HYDROLASE
实验方法 methodNEUTRON DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.00
零角强度 I(0) i06890680.00
分子量 molecular_weight35034.0 kDa
排除体积 excluded_volume48988 ų
包络体积 envelope_volume49334 ų
水化壳体积 shell_volume21442 ų
包络直径 envelope_diameter65.2
壳层 Rg shell_rg25.78
包络 Rg envelope_rg19.13
形状 Rg shape_rg18.06
总 Rg total_rg19.40
总原子数 total_atoms4365
残基数 n_residues261
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.8
Rg (实空间) rg_real20.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real6.8910e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6891000.0000
解质量估计 total_estimate0.6167
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.146
峰度 Kurtosis kurtosis-0.267
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1491000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4bd1a_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4bd1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)