SAXSdb — 4beh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–114	未记录	60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P2 × 1 （P05387）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1.0 NMR样品组成：10% WATER/90% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BEH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LBF Solution structure of the dimerization domain of human ribosomal protein P1/P2 heterodimer 提交 2011-03-30	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1-1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4V6X Structure of the human 80S ribosome 提交 2013-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：89-meric	链 Cs 1–114（114 aa）链 Ct 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds using two pieces of filter paper, then plunge into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 5.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RLA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P2

HOMO SAPIENS

UniProt P05387

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–115	未记录	60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P1 × 1 （P05386）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1.0 NMR样品组成：10% WATER/90% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BEH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S4J NMR structure of cross-reactive peptides from Homo sapiens 提交 2004-01-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 103–115（13 aa）片段：h13 - C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 2mM of peptide; 10% D2O; 10mM phosphate buffer at pH 5.5 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LBF Solution structure of the dimerization domain of human ribosomal protein P1/P2 heterodimer 提交 2011-03-30	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1-1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2W1O NMR structure of dimerization domain of human ribosomal protein P2 提交 2008-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–69（69 aa）片段：RESIDUES 1-69 链 B 1–69（69 aa）片段：RESIDUES 1-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200MM SODIUM SULFATE；压力 1.0 NMR样品组成 90% WATER / 10% D2O	分辨率未提供
4V6X Structure of the human 80S ribosome 提交 2013-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：89-meric	链 Cu 1–115（115 aa）链 Cv 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds using two pieces of filter paper, then plunge into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 5.00 Å
5DDZ Crystal structure of the RTA-c10-P2 complex 提交 2015-08-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 106–115（10 aa）片段：UNP residues 106-115	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.4 M ammonium dihydrogen phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.175

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RLA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–116； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4beh
沉积日期 deposition_date	2013-03-10
结构标题 title	Solution structure of human ribosomal protein P1.P2 heterodimer
关键词 keywords	STALK, RIBOSOME, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.90 Å
零角强度 I(0) i0	3159730000.00
分子量 molecular_weight	464600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	577260 Å³
包络体积 envelope_volume	789450 Å³
水化壳体积 shell_volume	98024 Å³
包络直径 envelope_diameter	252.6 Å
壳层 Rg shell_rg	59.66 Å
包络 Rg envelope_rg	73.04 Å
形状 Rg shape_rg	50.06 Å
总 Rg total_rg	49.55 Å
总原子数 total_atoms	64640
残基数 n_residues	4600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	279.0 Å
Rg (实空间) rg_real	52.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	10.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3151000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5383
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	7
主峰位置 r_peak_primary	17.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.617
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	848600.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P1
分子量 formula_weight	11521.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	64640

MASVSELACIYSALILHDDEVTVTEDKINALIKAAGVNVEPFWPGLFAKALANVNIGSLICNVGAGGPAPAAGAAPAGGPAPSTAAAPAEEKKVEAKKEESEESDDDMGFGLFD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P2
分子量 formula_weight	11748.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AMRYVASYLLAALGGNSSPSAKDIKKILDSVGIEADDDRLNKVISELNGKNIEDVIAQGIGKLASVPAGGAVAVSAAPGSAAPAAGSAPAAAEEKKDEKKEESEESDDDMGFGLFD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4behA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1410 —

结构域编号 domain_id	4behB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1410 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/be/4beh/4beh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/be/4beh/4beh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/be/4beh/4beh.dat

Solution structure of human ribosomal protein P1.P2 heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)