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4bf4

PikC D50N mutant in complex with the engineered cycloalkane substrate mimic bearing a termianl N,N-dimethylamino group

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

STREPTOMYCES VENEZUELAE

UniProt O87605

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1 与蛋白数一致
13 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1 与蛋白数一致
14 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1 与蛋白数一致
15 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
16 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 1.7.6 5-cyclododecyloxy-N,N-dimethyl-pentan-1-amine × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 1.7.6 5-cyclododecyloxy-N,N-dimethyl-pentan-1-amine × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SULFATE ION × 2 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2bvj 2bvj 2c6h 2c6h 2c7x 2ca0 2ca0 2cd8 2cd8 2vz7 2vz7 2vzm

共 51 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O87605_STRVZ
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 B； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 C； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 D； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 E； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 F； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 G； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 H； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 I； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 J； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 K； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 L； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 M； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 N； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 O； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416 作者链 P； PDB构建体 21–436； UniProt 1–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4bf4
沉积日期 deposition_date2013-03-14
结构标题 titlePikC D50N mutant in complex with the engineered cycloalkane substrate mimic bearing a termianl N,N-dimethylamino group
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, MONOOXYGENASE, PIKROMYCIN BIOSYNTHESIS; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4bf4__assembly_10__model_1

Assembly 10 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4bf4__assembly_10__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4bf4__assembly_10__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）22.12 Å
Rg（电子密度）20.75 Å
总 Rg21.62 Å
原子数3100
残基数397
排除体积55007 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4bf4__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4bf4__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 4bf4__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 4bf4__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 4bf4__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 4bf4__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 4bf4__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 4bf4__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 4bf4__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 4bf4__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 4bf4__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 4bf4__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 4bf4__assembly_13__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 4bf4__assembly_14__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 4bf4__assembly_15__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
16 1 4bf4__assembly_16__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_idd4bf4a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4g_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4h_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4i_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4j_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4k_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4l_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4m_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4n_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4o_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bf4p_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id4bf4A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4G00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4I00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4J00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4K00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4L00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4M00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4N00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4O00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4bf4P00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
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7. 引用文献 (1)