SAXSdb — 4bjk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE

TRYPANOSOMA BRUCEI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 3,3'-difluoro-N-[(2S)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1-(pyridin-4-ylamino)propan-2-yl]biphenyl-4-carboxamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 3,3'-difluoro-N-[(2S)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1-(pyridin-4-ylamino)propan-2-yl]biphenyl-4-carboxamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 3,3'-difluoro-N-[(2S)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1-(pyridin-4-ylamino)propan-2-yl]biphenyl-4-carboxamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 3,3'-difluoro-N-[(2S)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1-(pyridin-4-ylamino)propan-2-yl]biphenyl-4-carboxamide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q385E8_TRYB2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–461； UniProt 32–481 作者链 B； PDB构建体 12–461； UniProt 32–481 作者链 C； PDB构建体 12–461； UniProt 32–481 作者链 D； PDB构建体 12–461； UniProt 32–481

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4bjk
沉积日期 deposition_date	2013-04-18
结构标题 title	CYP51 of Trypanosoma brucei bound to (S)-N-(3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1- (pyridin-4-ylamino)propan-2-yl)-3,3'-difluoro-(1,1'-biphenyl)-4- carboxamide
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, ERGOSTEROL BIOSYNTHESIS; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4bjk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4bjk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4bjk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.46 Å
Rg（电子密度）	22.40 Å
总 Rg	23.29 Å
原子数	3610
残基数	450
排除体积	64734 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4bjk__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4bjk__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4bjk__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4bjk__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
分子量 formula_weight	53001.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.70
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14491

MAKKTSSKGKLPPMYPVTVPILGHIIQFGKSPLGFMQECKRQLKSGIFTINIVGKRVTIVGDPHEHSRFFLPRNEVLSPREVYSFMVPVFGEGVAYAAPYPRMREQLNFLAEELTIAKFQNFVPAIQHEVRKFMAANWDKDEGEINLLEDCSTMIINTACQCLFGEDLRKRLDARRFAQLLAKMESSLIPAAVFLPILLKLPLPQSARCHEARTELQKILSEIIIARKAAAVNKDSSTSDLLSGLLSAVYRDGTPMSLHEVCGMIVAAMFAGQHTSSITTTWSMLHLMHPANVKHLEALRKEIEEFPAQLNYNNVMDEMPFAERCARESIRRDPPLLMLMRKVMADVKVGSYVVPKGDIIACSPLLSHHDEEAFPEPRRWDPERDEKVEGAFIGFGAGVHKCIGQKFGLLQVKTILATAFRSYDFQLLRDEVPDPDYHTMVVGPTASQCRVKYIRRKAAAAHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	TRYPANOSOMA BRUCEI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5691
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3,3'-difluoro-N-[(2S)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1-(pyridin-4-ylamino)propan-2-yl]biphenyl-4-carboxamide
分子量 formula_weight	496.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	136

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4bjka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4bjka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4bjkb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4bjkb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4bjkc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4bjkc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4bjkd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4bjkd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4bjkA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	4bjkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	4bjkC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	4bjkD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

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晶胞边长 a length_a	199.291 Å
晶胞边长 b length_b	114.671 Å
晶胞边长 c length_c	136.221 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	132.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.670 Å
最低分辨率 resolution_low	87.880 Å
R 因子 r_factor	0.1985
R_work r_work	0.1944
R_free r_free	0.2735

CYP51 of Trypanosoma brucei bound to (S)-N-(3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1- (pyridin-4-ylamino)propan-2-yl)-3,3'-difluoro-(1,1'-biphenyl)-4- carboxamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4bjk__assembly_1__model_1

4bjk__assembly_1__model_1 | I(q)

4bjk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CYP51 of Trypanosoma brucei bound to (S)-N-(3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1- (pyridin-4-ylamino)propan-2-yl)-3,3'-difluoro-(1,1'-biphenyl)-4- carboxamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4bjk__assembly_1__model_1

4bjk__assembly_1__model_1 | I(q)

4bjk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)