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4bkw

Crystal structure of the C-terminal region of human ZFYVE9

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.4 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ZINC FINGER FYVE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 9

HOMO SAPIENS

UniProt O95405

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 895–1425 片段：PROTEIN INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 895-1425 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.15M MAGNESIUM CHLORIDE, 30% PEG 3350 分辨率 2.53 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4BKW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 669–709（41 aa） 片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 669–709（41 aa） 片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 773–810（38 aa） 片段：SARA SBD domain, residues 773-810
未记录 ACY ACETIC ACID × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.74 Å R-free 0.271
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 773–810（38 aa） 片段：SARA SBD domain, residues 773-810
未记录 ACY ACETIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.74 Å R-free 0.271
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–22（22 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500
分辨率 2.25 Å R-free 0.235
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–22（22 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500
分辨率 2.25 Å R-free 0.235

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ZFYV9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–531； UniProt 895–1425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4bkw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4bkw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4bkw
沉积日期 deposition_date2013-04-30
结构标题 titleCrystal structure of the C-terminal region of human ZFYVE9
关键词 keywordsRECEPTOR, PROTEIN INTERACTION DOMAIN, TGF-BETA AND EGFR SIGNALLING, SGC; RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.82 Å
零角强度 I(0) i043839200.00
分子量 molecular_weight52937.0 kDa
排除体积 excluded_volume67084 ų
包络体积 envelope_volume83903 ų
水化壳体积 shell_volume28173 ų
包络直径 envelope_diameter80.4 Å
壳层 Rg shell_rg32.02 Å
包络 Rg envelope_rg24.80 Å
形状 Rg shape_rg24.80 Å
总 Rg total_rg25.77 Å
总原子数 total_atoms3721
残基数 n_residues479
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.4 Å
Rg (实空间) rg_real25.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal43840000.0000
解质量估计 total_estimate0.9125
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6 Å
偏度 Skewness skewness0.222
峰度 Kurtosis kurtosis-0.553
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11760000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.940
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4bkwA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220 — Domain of unknown function (DUF3480), N-terminal subdomain
结构域编号 domain_id4bkwA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)