SAXSdb — 4bqb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEOGENIN

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 883–1133	片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 883–1133	片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 883–1133	片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 883–1133	片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350	分辨率 6.60 Å R-free 0.280
4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350	分辨率 6.60 Å R-free 0.280
4BQ8 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 3 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 883–1083（201 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1083	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.18 M POTASSIUM ACETATE, 18 % PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.199
4BQ9 Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 1 提交 2013-05-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 883–1083（201 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1083	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG4000	分辨率 2.91 Å R-free 0.230
4BQ9 Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 1 提交 2013-05-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 883–1083（201 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1083	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG4000	分辨率 2.91 Å R-free 0.230
4BQC Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1 bound to SOS 提交 2013-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.15 M POTASSIUM NITRATE, 15% PEG3350, pH 8.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4BQC Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1 bound to SOS 提交 2013-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.15 M POTASSIUM NITRATE, 15% PEG3350, pH 8.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4PLN Crystal Structure of Chicken Netrin-1 (LN-LE3) complexed with mouse Neogenin (FN4-5) 提交 2014-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 765–964（200 aa）片段：FN4-5 (UNP residues 765-964) 链 D 765–964（200 aa）片段：FN4-5 (UNP residues 765-964)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Hepes pH 7.0, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.239
4UI2 Crystal structure of the ternary RGMB-BMP2-NEO1 complex 提交 2015-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 883–1133（251 aa）片段：5TH AND 6TH FN TYPE 3 LIKE DOMAINS	未记录	SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 6 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 12% (V/V) GLYCEROL	分辨率 3.15 Å R-free 0.236
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 883–1123（241 aa）链 F 883–1123（241 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 K 883–1123（241 aa）链 L 883–1123（241 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 883–1123（241 aa）链 R 883–1123（241 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEO1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–254； UniProt 883–1133 作者链 B； PDB构建体 4–254； UniProt 883–1133 作者链 C； PDB构建体 4–254； UniProt 883–1133 作者链 D； PDB构建体 4–254； UniProt 883–1133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4bqb
沉积日期 deposition_date	2013-05-30
结构标题 title	Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 2
关键词 keywords	CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.55 Å
零角强度 I(0) i0	125001000.00
分子量 molecular_weight	89901.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113200 Å³
包络体积 envelope_volume	151430 Å³
水化壳体积 shell_volume	41694 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.55 Å
包络 Rg envelope_rg	30.18 Å
形状 Rg shape_rg	30.48 Å
总 Rg total_rg	31.43 Å
总原子数 total_atoms	6337
残基数 n_residues	792
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	125000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8888
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.363
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9953000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4bqbA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4bqbA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4bqbB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4bqbB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4bqbC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4bqbC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4bqbD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4bqbD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.897 Å
晶胞边长 b length_b	97.394 Å
晶胞边长 c length_c	91.341 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2008
R_work r_work	0.1996
R_free r_free	0.2230

描述 description	NEOGENIN
分子量 formula_weight	29221.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6337

Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEOGENIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

fit	/app/data/saxs_computation/bq/4bqb/4bqb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bq/4bqb/4bqb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bq/4bqb/4bqb.dat