SAXSdb — 4br3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHOLINE KINASE ALPHA

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1-((4'-((6-amino-3H-purin-3-yl)methyl)biphenyl-4-yl)methyl)-4-(dimethylamino)pyridinium × 2 3-benzyladenine × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHKA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–383； UniProt 75–457 作者链 B； PDB构建体 1–383； UniProt 75–457

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4br3
沉积日期 deposition_date	2013-06-03
结构标题 title	Determination of potential scaffolds for human choline kinase alpha 1 by chemical deconvolution studies
关键词 keywords	TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4br3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4br3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4br3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.56 Å
Rg（电子密度）	29.82 Å
总 Rg	30.55 Å
原子数	5952
残基数	703
排除体积	106480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4br3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHOLINE KINASE ALPHA
分子量 formula_weight	44954.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.32, 2.7.1.82
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6147

PQPPADEQPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYGAILQMRSCNKEGSEQAQKENEFQGAEAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQNDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKLGV

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-((4'-((6-amino-3H-purin-3-yl)methyl)biphenyl-4-yl)methyl)-4-(dimethylamino)pyridinium
分子量 formula_weight	436.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-benzyladenine
分子量 formula_weight	226.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	181

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4br3a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.8 — Choline kinase

结构域编号 domain_id	d4br3b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.8 — Choline kinase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4br3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4br3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1200 — Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe

结构域编号 domain_id	4br3B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4br3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1200 — Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe

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晶胞边长 a length_a	55.737 Å
晶胞边长 b length_b	122.254 Å
晶胞边长 c length_c	132.173 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2078
R_free r_free	0.2576

Determination of potential scaffolds for human choline kinase alpha 1 by chemical deconvolution studies

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHOLINE KINASE ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4br3__assembly_1__model_1

4br3__assembly_1__model_1 | I(q)

4br3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Determination of potential scaffolds for human choline kinase alpha 1 by chemical deconvolution studies

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHOLINE KINASE ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4br3__assembly_1__model_1

4br3__assembly_1__model_1 | I(q)

4br3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)