SAXSdb — 4ccn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE AND HISTIDYL-HYDROXYLASE NO66

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	60S RIBOSOMAL PROTEIN L8 × 4 （P62917） MANGANESE (II) ION × 4 N-OXALYLGLYCINE × 4 SULFATE ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NO66_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–460； UniProt 183–641 作者链 B； PDB构建体 2–460； UniProt 183–641

60S RIBOSOMAL PROTEIN L8

物种未注明

UniProt P62917

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	BIFUNCTIONAL LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE AND HISTIDYL-HYDROXYLASE NO66 × 4 （Q9H6W3） MANGANESE (II) ION × 4 N-OXALYLGLYCINE × 4 SULFATE ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–35； UniProt 205–239 作者链 D； PDB构建体 1–35； UniProt 205–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ccn
沉积日期 deposition_date	2013-10-23
结构标题 title	60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66 L299C/C300S) in complex with Mn(II), N-oxalylglycine (NOG) and 60S ribosomal protein L8 (RPL8 G220C) peptide fragment (complex-2)
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, NON-HEME, IRON-BINDING, DSBH, 2- OXOGLUTARATE, DIOXYGENASE, JMJC DOMAIN, RIBOSOME BIOGENESIS, NUCLEAR PROTEIN, RPL8, BETA-HYDROXYLATION, TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION, SIGNALING ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ccn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ccn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ccn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.51 Å
Rg（电子密度）	41.75 Å
总 Rg	42.20 Å
原子数	14906
残基数	1874
排除体积	263370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ccn__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BIFUNCTIONAL LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE AND HISTIDYL-HYDROXYLASE NO66
分子量 formula_weight	53215.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.-, 1.14.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7936

MSPLRRVLAELNRIPSSRRRAARLFEWLIAPMPPDHFYRRLWEREAVLVRRQDHTYYQGLFSTADLDSMLRNEEVQFGQHLDAARYINGRRETLNPPGRALPAAAWSLYQAGCSLRLCSPQAFSTTVWQFLAVLQEQFGSMAGSNVYLTPPNSQGFAPHYDDIEAFVLQLEGRKLWRVYRPRAPTEELALTSSPNFSQDDLGEPVLQTVLEPGDLLYFPRGFIHQAECQDGVHSLHLTLSTYQRNTWGDFLEAILPLAVQAAMEENVEFRRGLPRDFMDYMGAQHSDSKDPRRTAFMEKVRVLVARLGHFAPVDAVADQRAKDFIHDSLPPVLTDRERALSVYGLPIRWEAGEPVNVGAQLTTETEVHMLQDGIARLVGEGGHLFLYYTVENSRVYHLEEPKCLEIYPQQADAMELLLGSYPEFVRVGDLPCDSVEDQLSLATTLYDKGLLLTKMPLALNAENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L8
分子量 formula_weight	3739.3 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

NPVEHPFGGGNHQHICKPSTIRRDAPAGRKVGLIA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-OXALYLGLYCINE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	363

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4ccnA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	4ccnA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain

结构域编号 domain_id	4ccnA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4ccnB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	4ccnB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain

结构域编号 domain_id	4ccnB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	155.165 Å
晶胞边长 b length_b	83.721 Å
晶胞边长 c length_c	97.034 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	44.190 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2480

60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66 L299C/C300S) in complex with Mn(II), N-oxalylglycine (NOG) and 60S ribosomal protein L8 (RPL8 G220C) peptide fragment (complex-2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE AND HISTIDYL-HYDROXYLASE NO66

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

60S RIBOSOMAL PROTEIN L8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ccn__assembly_1__model_1

4ccn__assembly_1__model_1 | I(q)

4ccn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66 L299C/C300S) in complex with Mn(II), N-oxalylglycine (NOG) and 60S ribosomal protein L8 (RPL8 G220C) peptide fragment (complex-2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE AND HISTIDYL-HYDROXYLASE NO66

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S RIBOSOMAL PROTEIN L8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ccn__assembly_1__model_1

4ccn__assembly_1__model_1 | I(q)

4ccn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)