SAXSdb — 4cff

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ;

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ; × 1 （Q9Y478） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ; × 1 （Q9Y478） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAPK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–571； UniProt 1–552 作者链 C； PDB构建体 20–571； UniProt 1–552

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ;

HOMO SAPIENS

UniProt Q9Y478

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ; × 1 （P54646） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ; × 1 （P54646） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 17–286； UniProt 1–270 作者链 D； PDB构建体 17–286； UniProt 1–270

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;

HOMO SAPIENS

UniProt P54619

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ; × 1 （P54646） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ; × 1 （Q9Y478） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ; × 1 （P54646） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ; × 1 （Q9Y478） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–331； UniProt 1–331 作者链 F； PDB构建体 1–331； UniProt 1–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4cff
沉积日期 deposition_date	2013-11-14
结构标题 title	Structure of full length human AMPK in complex with a small molecule activator, a thienopyridone derivative (A-769662)
关键词 keywords	;TRANSFERASE, NUCLEOTIDE-BINDING, STAUROSPORINE-BINDING, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, ACTIVATOR, CARBOHYDRATE BINDING MODULE (CBM) ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4cff__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4cff__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4cff__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.79 Å
Rg（电子密度）	34.48 Å
总 Rg	34.76 Å
原子数	7211
残基数	885
排除体积	129590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4cff__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4cff__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ;
分子量 formula_weight	64651.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1, 2.7.11.27, 2.7.11.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14484

MSHHHHHHSSGLEVLFQGPMAEKQKHDGRVKIGHYVLGDTLGVGTFGKVKIGEHQLTGHKVAVKILNRQKIRSLDVVGKIKREIQNLKLFRHPHIIKLYQVISTPTDFFMVMEYVSGGELFDYICKHGRVEEMEARRLFQQILSAVDYCHRHMVVHRDLKPENVLLDAHMNAKIADFGLSNMMSDGEFLRTSCGSPNYAAPEVISGRLYAGPEVDIWSCGVILYALLCGTLPFDDEHVPTLFKKIRGGVFYIPEYLNRSVATLLMHMLQVDPLKRATIKDIREHEWFKQDLPSYLFPEDPSYDANVIDDEAVKEVCEKFECTESEVMNSLYSGDPQDQLAVAYHLIIDNRRIMNQASEFYLASSPPSGSFMDDSAMHIPPGLKPHPERMPPLIADSPKARCPLDALNTTKPKSLAVKKAKWHLGIRSQSKPYDIMAEVYRAMKQLDFEWKVVNAYHLRVRRKNPVTGNYVKMSLQLYLVDNRSYLLDFKSIDDEVVEQRSGSSTPQRSCSAAGLHRPRSSFDSTTAESHSLSGSLTGSLTGSTLSSVSPRLGSHTMDFFEMCASLITTLAR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ;
分子量 formula_weight	32448.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MGLNDIFEAQKIEWHEMGNTSSERAALERHGGHKTPRRDSSGGTKDGDRPKILMDSPEDADLFHSEEIKAPEKEEFLAWQHDLEVNDKAPAQARPTVFRWTGGGKEVYLSGSFNNWSKLPLTRSHNNFVAILDLPEGEHQYKFFVDGQWTHDPSEPIVTSQLGTVNNIIQVKKTDFEVFDALMVDSQKCSDVSELSSSPPGPYHQEPYVCKPEERFRAPPILPPHLLQVILNKDTGISCDPALLPEPNHVMLNHLYALSIKDGVMVLSATHRYKKKYVTTLLYKPI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;
分子量 formula_weight	37626.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

METVISSDSSPAVENEHPQETPESNNSVYTSFMKSHRCYDLIPTSSKLVVFDTSLQVKKAFFALVTNGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSALVQIYELEEHKIETWREVYLQDSFKPLVCISPNASLFDAVSSLIRNKIHRLPVIDPESGNTLYILTHKRILKFLKLFITEFPKPEFMSKSLEELQIGTYANIAMVRTTTPVYVALGIFVQHRVSALPVVDEKGRVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDVSVTKALQHRSHYFEGVLKCYLHETLETIINRLVEAEVHRLVVVDENDVVKGIVSLSDILQALVLTGGEKKP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	STAUROSPORINE
分子量 formula_weight	466.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile
分子量 formula_weight	360.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	4cffA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4cffA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4cffA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kinase associated domain 1, KA1

结构域编号 domain_id	4cffC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4cffC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4cffC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kinase associated domain 1, KA1

结构域编号 domain_id	4cffD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	76.019 Å
晶胞边长 b length_b	134.787 Å
晶胞边长 c length_c	141.286 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.924 Å
最低分辨率 resolution_low	19.934 Å
R 因子 r_factor	0.2109
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2637

Structure of full length human AMPK in complex with a small molecule activator, a thienopyridone derivative (A-769662)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cff__assembly_1__model_1

4cff__assembly_1__model_1 | I(q)

4cff__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of full length human AMPK in complex with a small molecule activator, a thienopyridone derivative (A-769662)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cff__assembly_1__model_1

4cff__assembly_1__model_1 | I(q)

4cff__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)