SAXSdb — 4cim

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-LIKE PROTEIN 2

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–163 链 Q； UniProt 38–58	突变：YES 片段：RESIDUES 38-58 突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；1 M TRISODIUM CITRATE 0.1 M IMIDAZOLE, PH 8.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.210
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–163 链 P； UniProt 38–58	突变：YES 片段：RESIDUES 38-58 突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；1 M TRISODIUM CITRATE 0.1 M IMIDAZOLE, PH 8.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4CIM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MK3 SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BCL-W PROTEIN 提交 2002-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–171（170 aa）	突变：P116V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 1.4 mM Bcl-w protein U-15N,13C, 20 mM phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.3 mM Bcl-w protein U-15N, 20 mM phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Bcl-w protein U-15N, 6 MG/ML PF1-PHAGE \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1O0L THE STRUCTURE OF BCL-W REVEALS A ROLE FOR THE C-TERMINAL RESIDUES IN MODULATING BIOLOGICAL ACTIVITY 提交 2003-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）	突变：A128E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1 mM Bcl-w \| 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 1 mM, U-15N Bcl-w \| 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 1 mM, U-13C, 15N, Bcl-w \| 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O	分辨率未提供
1ZY3 Structural model of complex of Bcl-w protein with Bid BH3-peptide 提交 2005-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–171（170 aa）片段：residues 2-171	突变：P116V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N,13C, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM Bid BH3-peptide U-15N, 0.7 mM Bcl-w, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2Y6W Structure of a Bcl-w dimer 提交 2011-01-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）片段：C-TERMINAL TRUNCATION, RESIDUES 1-164 链 B 1–164（164 aa）片段：C-TERMINAL TRUNCATION, RESIDUES 1-164	突变：YES 突变：YES	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；5% (W/V) PEG 3000, 40% (W/V) PEG 400, 0.1M MES PH 6.5.	分辨率 2.00 Å R-free 0.244

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2CL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 B； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 P； PDB构建体 1–21； UniProt 38–58 作者链 Q； PDB构建体 1–21； UniProt 38–58

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4cim
沉积日期 deposition_date	2013-12-12
结构标题 title	Complex of a Bcl-w BH3 mutant with a BH3 domain
关键词 keywords	APOPTOSIS, CELL DEATH; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.67 Å
零角强度 I(0) i0	24022400.00
分子量 molecular_weight	37251.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46466 Å³
包络体积 envelope_volume	53289 Å³
水化壳体积 shell_volume	21144 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.78 Å
包络 Rg envelope_rg	21.92 Å
形状 Rg shape_rg	21.63 Å
总 Rg total_rg	22.59 Å
总原子数 total_atoms	2633
残基数 n_residues	333
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8613
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.443
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8293000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BCL-2-LIKE PROTEIN 2
分子量 formula_weight	17801.9 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3003

MATPASAPDTRALVADFVGYKLRQKGYVSGAGPGEGPAADPLGQALRAIGDEFETRFRRTFSDLAAQLHVTPGSAQQRFTQVSDELFQGGPNWGRLVAFFVFGAALCAESVNKEMEPLVGQVQEWMVEYLETRLADWIHSSGGWAEFTALYGDGALEEARRLR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BCL-2-LIKE PROTEIN 2
分子量 formula_weight	2336.6 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

AADPLGQALRAIGDEFETRFR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	277

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4cima_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

结构域编号 domain_id	d4cimb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.922 Å
晶胞边长 b length_b	60.726 Å
晶胞边长 c length_c	67.098 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	44.229 Å
R 因子 r_factor	0.1874
R_work r_work	0.1862
R_free r_free	0.2096

fit	/app/data/saxs_computation/ci/4cim/4cim.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ci/4cim/4cim.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ci/4cim/4cim.dat

Complex of a Bcl-w BH3 mutant with a BH3 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-LIKE PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)