SAXSdb — 4ckc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MRNA-CAPPING ENZYME CATALYTIC SUBUNIT

VACCINIA VIRUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME REGULATORY SUBUNIT × 1 （P04318） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME REGULATORY SUBUNIT × 1 （P04318） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCEL_VACCW
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–844； UniProt 1–844 作者链 D； PDB构建体 1–844； UniProt 1–844

MRNA-CAPPING ENZYME REGULATORY SUBUNIT

VACCINIA VIRUS

UniProt P04318

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME CATALYTIC SUBUNIT × 1 （P04298） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME CATALYTIC SUBUNIT × 1 （P04298） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCES_VACCW
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287 作者链 E； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ckc
沉积日期 deposition_date	2014-01-02
结构标题 title	Vaccinia virus capping enzyme complexed with SAH (monoclinic form)
关键词 keywords	TRANSFERASE-HYDROLASE COMPLEX, TRIFUNCTIONAL VACCINIA VIRUS MRNA CAPPING ENZYME; TRANSFERASE/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ckc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ckc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ckc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.01 Å
Rg（电子密度）	36.45 Å
总 Rg	37.01 Å
原子数	8975
残基数	1103
排除体积	161680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ckc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ckc__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MRNA-CAPPING ENZYME CATALYTIC SUBUNIT
分子量 formula_weight	96856.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.33, 2.7.7.50, 2.1.1.56
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	18065

MDANVVSSSTIATYIDALAKNASELEQRSTAYEINNELELVFIKPPLITLTNVVNISTIQESFIRFTVTNKEGVKIRTKIPLSKVHGLDVKNVQLVDAIDNIVWEKKSLVTENRLHKECLLRLSTEERHIFLDYKKYGSSIRLELVNLIQAKTKNFTIDFKLKYFLGSGAQSKSSLLHAINHPKSRPNTSLEIEFTPRDNETVPYDELIKELTTLSRHIFMASPENVILSPPINAPIKTFMLPKQDIVGLDLENLYAVTKTDGIPITIRVTSNGLYCYFTHLGYIIRYPVKRIIDSEVVVFGEAVKDKNWTVYLIKLIEPVNAINDRLEESKYVESKLVDICDRIVFKSKKYEGPFTTTSEVVDMLSTYLPKQPEGVILFYSKGPKSNIDFKIKKENTIDQTANVVFRYMSSEPIIFGESSIFVEYKKFSNDKGFPKEYGSGKIVLYNGVNYLNNIYCLEYINTHNEVGIKSVVVPIKFIAEFLVNGEILKPRIDKTMKYINSEDYYGNQHNIIVEHLRDQSIKIGDIFNEDKLSDVGHQYANNDKFRLNPEVSYFTNKRTRGPLGILSNYVKTLLISMYCSKTFLDDSNKRKVLAIDFGNGADLEKYFYGEIALLVATDPDADAIARGNERYNKLNSGIKTKYYKFDYIQETIRSDTFVSSVREVFYFGKFNIIDWQFAIHYSFHPRHYATVMNNLSELTASGGKVLITTMDGDKLSKLTDKKTFIIHKNLPSSENYMSVEKIADDRIVVYNPSTMSTPMTEYIIKKNDIVRVFNEYGFVLVDNVDFATIIERSKKFINGASTMEDRPSTRNFFELNRGAIKCEGLDVEDLLSYYVVYVFSKR

来源 Source

来源生物 organism	VACCINIA VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10245
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MRNA-CAPPING ENZYME REGULATORY SUBUNIT
分子量 formula_weight	33396.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MDEIVKNIREGTHVLLPFYETLPELNLSLGKSPLPSLEYGANYFLQISRVNDLNRMPTDMLKLFTHDIMLPESDLDKVYEILKINSVKYYGRSTKADAVVADLSARNKLFKRERDAIKSNNHLTENNLYISDYKMLTFDVFRPLFDFVNEKYCIIKLPTLFGRGVIDTMRIYCSLFKNVRLLKCVSDSWLKDSAIMVASDVCKKNLDLFMSHVKSVTKSSSWKDVNSVQFSILNNPVDTEFINKFLEFSNRVYEALYYVHSLLYSSMTSDSKSIENKHQRRLVKLLL

来源 Source

来源生物 organism	VACCINIA VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10245
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4ckcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	4ckcA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4ckcA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4ckcA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4ckcB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11680 — Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit

结构域编号 domain_id	4ckcD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	4ckcD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4ckcD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4ckcD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4ckcE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11680 — Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit

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晶胞边长 a length_a	61.710 Å
晶胞边长 b length_b	200.260 Å
晶胞边长 c length_c	128.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	125.000 Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	0.2549
R_free r_free	0.2971

Vaccinia virus capping enzyme complexed with SAH (monoclinic form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MRNA-CAPPING ENZYME CATALYTIC SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MRNA-CAPPING ENZYME REGULATORY SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ckc__assembly_1__model_1

4ckc__assembly_1__model_1 | I(q)

4ckc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Vaccinia virus capping enzyme complexed with SAH (monoclinic form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MRNA-CAPPING ENZYME CATALYTIC SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MRNA-CAPPING ENZYME REGULATORY SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ckc__assembly_1__model_1

4ckc__assembly_1__model_1 | I(q)

4ckc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)