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4cmn

Crystal structure of OCRL in complex with a phosphate ion

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1

HOMO SAPIENS

UniProt Q01968

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 215–560 片段：5-PHOSPHATASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 215-560 突变：YES PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；0.2 M ZINC ACETATE, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5, 10% ISOPROPANOL 分辨率 3.13 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4CMN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KIE A PH domain within OCRL bridges clathrin mediated membrane trafficking to phosphoinositide metabolis 提交 2009-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–119（119 aa） 片段：N-terminal residues 1-119
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein , 20 mM potassium phosphate | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2QV2 A role of the Lowe syndrome protein OCRL in early steps of the endocytic pathway 提交 2007-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 564–901（338 aa） 片段：ASH-RhoGAP-like tandem domains
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM Hepes, 8.5% PEG8000, 400 mM NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.288
3QBT Crystal structure of OCRL1 540-678 in complex with Rab8a:GppNHp 提交 2011-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 540–678（139 aa） 片段：unp residues 540-678
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
3QBT Crystal structure of OCRL1 540-678 in complex with Rab8a:GppNHp 提交 2011-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 540–678（139 aa） 片段：unp residues 540-678
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
3QBT Crystal structure of OCRL1 540-678 in complex with Rab8a:GppNHp 提交 2011-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 540–678（139 aa） 片段：unp residues 540-678
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
3QBT Crystal structure of OCRL1 540-678 in complex with Rab8a:GppNHp 提交 2011-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 540–678（139 aa） 片段：unp residues 540-678
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
3QIS Recognition of the F&H motif by the Lowe Syndrome protein OCRL 提交 2011-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 536–901（366 aa） 片段：ASH-RhoGAP (UNP residues 536-901)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；291 K；1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.238

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OCRL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–347； UniProt 215–560

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4cmn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4cmn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4cmn
沉积日期 deposition_date2014-01-16
结构标题 titleCrystal structure of OCRL in complex with a phosphate ion
关键词 keywordsHYDROLASE, INOSITOL SIGNALLING, SGC STOCKHOLM, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, LOWE SYNDROME, DENT DISEASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.93 Å
零角强度 I(0) i025872400.00
分子量 molecular_weight38483.0 kDa
排除体积 excluded_volume47870 ų
包络体积 envelope_volume57456 ų
水化壳体积 shell_volume22670 ų
包络直径 envelope_diameter93.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.00 Å
包络 Rg envelope_rg23.10 Å
形状 Rg shape_rg21.89 Å
总 Rg total_rg22.79 Å
总原子数 total_atoms2708
残基数 n_residues339
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.3 Å
Rg (实空间) rg_real22.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25870000.0000
解质量估计 total_estimate0.7449
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.0 Å
偏度 Skewness skewness0.757
峰度 Kurtosis kurtosis0.641
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6359000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.349; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.708; Smooth: 0.923
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4cmnA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)