← 返回搜索
4co7

Crystal structure of human GATE-16

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.4 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 2

HOMO SAPIENS

UniProt P60520

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–117 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；100 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.0, 50 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM DITHIOTHREITOL 分辨率 2.00 Å R-free 0.212
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–117 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；100 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.0, 50 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM DITHIOTHREITOL 分辨率 2.00 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4CO7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6H8C Structure of the human GABARAPL2 protein in complex with the UBA5 LIR motif 提交 2018-08-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–116（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GABARAPL2, 1.0 mM No Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0 mM No GABARAPL2, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
7LK3 Crystal structure of untwinned human GABARAPL2 提交 2021-02-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M KBr, 30% (w/v) PEG monomethyl ether 2000
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
7LK3 Crystal structure of untwinned human GABARAPL2 提交 2021-02-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–117（117 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M KBr, 30% (w/v) PEG monomethyl ether 2000
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
7YO8 Crystal structure of fission yeast Hfl1 LIR fused to human GABARAPL2 提交 2022-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–116（116 aa）
突变：F28S V29T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；8% PEG 3000, 0.1 M sodium citrate
分辨率 1.80 Å R-free 0.205
8Q6Q Structure of human immunity related GTPase Q in complex with GABARAPL2. 提交 2023-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–117（117 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 200 mM di-Ammonium hydrogen citrate; pH 5.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
8Q6Q Structure of human immunity related GTPase Q in complex with GABARAPL2. 提交 2023-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–117（117 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 200 mM di-Ammonium hydrogen citrate; pH 5.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.222

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRL2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–119； UniProt 1–117 作者链 B； PDB构建体 3–119； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4co7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4co7
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4co7
沉积日期 deposition_date2014-01-27
结构标题 titleCrystal structure of human GATE-16
关键词 keywordsPROTEIN TRANSPORT, AUTOPHAGY, BETA-GRASP FOLD, UBIQUITIN SUPERFAMILY; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.50 Å
零角强度 I(0) i012311000.00
分子量 molecular_weight27272.0 kDa
排除体积 excluded_volume34588 ų
包络体积 envelope_volume42198 ų
水化壳体积 shell_volume17403 ų
包络直径 envelope_diameter76.0 Å
壳层 Rg shell_rg26.67 Å
包络 Rg envelope_rg21.29 Å
形状 Rg shape_rg21.49 Å
总 Rg total_rg22.31 Å
总原子数 total_atoms1922
残基数 n_residues236
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.4 Å
Rg (实空间) rg_real22.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12310000.0000
解质量估计 total_estimate0.6734
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5 Å
偏度 Skewness skewness0.421
峰度 Kurtosis kurtosis-0.393
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2086000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.764; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.189; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.986
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4co7a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd4co7a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4co7b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd4co7b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4co7A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4co7B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)