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4d06

Bacterial chalcone isomerase complexed with naringenin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHALCONE ISOMERASE

EUBACTERIUM RAMULUS

UniProt V9P0A9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–283 链 B； UniProt 1–283 链 C； UniProt 1–283 链 D； UniProt 1–283 链 E； UniProt 1–283 链 F； UniProt 1–283 未记录 NAR NARINGENIN × 7 CL CHLORIDE ION × 17 X8W (2E)-3-(4-hydroxyphenyl)-1-(2,4,6-trihydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 380 MIKROM NARINGENIN CHALCONE DISSOLVED IN ETHANOL 分辨率 2.00 Å R-free 0.163

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4D06 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4D4F Mutant P250A of bacterial chalcone isomerase from Eubacterium ramulus 提交 2014-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–283（283 aa）
链 B 1–283（283 aa）
链 C 1–283（283 aa）
链 D 1–283（283 aa）
链 E 1–283（283 aa）
链 F 1–283（283 aa）
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GOL GLYCEROL × 11 CL CHLORIDE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE; CRYO: 2.4 M AMMONIUM SULPHATE, 22% GLYCEROL, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE
分辨率 2.34 Å R-free 0.175
8B7R Bacterial chalcone isomerase with taxifolin chalcone 提交 2022-10-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–283（283 aa）
链 B 1–283（283 aa）
链 C 1–283（283 aa）
链 D 1–283（283 aa）
链 E 1–283（283 aa）
链 F 1–283（283 aa）
未记录 Q0X (Z)-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-oxidanyl-1-[2,4,6-tris(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one × 6 CL CHLORIDE ION × 26 K POTASSIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.8 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
分辨率 2.15 Å R-free 0.190
8B7U Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–283（283 aa）
链 B 1–283（283 aa）
链 K 1–283（283 aa）
链 L 1–283（283 aa）
链 M 1–283（283 aa）
链 N 1–283（283 aa）
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 CL CHLORIDE ION × 18 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Hanging drop 2+2 ul. soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
分辨率 2.80 Å R-free 0.225
8B7U Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–283（283 aa）
链 D 1–283（283 aa）
链 E 1–283（283 aa）
链 F 1–283（283 aa）
链 G 1–283（283 aa）
链 H 1–283（283 aa）
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 CL CHLORIDE ION × 16 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Hanging drop 2+2 ul. soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
分辨率 2.80 Å R-free 0.225
8B7U Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 1–283（283 aa）
链 J 1–283（283 aa）
链 O 1–283（283 aa）
链 P 1–283（283 aa）
链 Q 1–283（283 aa）
链 R 1–283（283 aa）
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 11 CL CHLORIDE ION × 13 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Hanging drop 2+2 ul. soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
分辨率 2.80 Å R-free 0.225
8B7Z Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–283（283 aa）
链 B 1–283（283 aa）
链 K 1–283（283 aa）
链 L 1–283（283 aa）
链 M 1–283（283 aa）
链 N 1–283（283 aa）
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 16 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
8B7Z Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–283（283 aa）
链 D 1–283（283 aa）
链 E 1–283（283 aa）
链 F 1–283（283 aa）
链 G 1–283（283 aa）
链 H 1–283（283 aa）
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 SO4 SULFATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
8B7Z Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 1–283（283 aa）
链 J 1–283（283 aa）
链 O 1–283（283 aa）
链 P 1–283（283 aa）
链 Q 1–283（283 aa）
链 R 1–283（283 aa）
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 17 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
分辨率 3.00 Å R-free 0.268

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 V9P0A9_9FIRM
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 C； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 D； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 E； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 F； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4d06

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4d06
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4d06
沉积日期 deposition_date2014-04-24
结构标题 titleBacterial chalcone isomerase complexed with naringenin
关键词 keywordsISOMERASE, BACTERIAL CHALCONE ISOMERASE, FLAVONOIDS, NARINGENIN; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.95 Å
零角强度 I(0) i0520346000.00
分子量 molecular_weight190430.0 kDa
排除体积 excluded_volume239660 ų
包络体积 envelope_volume280430 ų
水化壳体积 shell_volume64638 ų
包络直径 envelope_diameter113.4 Å
壳层 Rg shell_rg43.15 Å
包络 Rg envelope_rg34.10 Å
形状 Rg shape_rg33.91 Å
总 Rg total_rg34.69 Å
总原子数 total_atoms13439
残基数 n_residues1623
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.3 Å
Rg (实空间) rg_real34.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real5.2030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal520400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6784
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.2 Å
偏度 Skewness skewness0.090
峰度 Kurtosis kurtosis-0.497
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha312300000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.915
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)