4d0d

COMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 8MER CHICKEN PEPTIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2

GALLUS GALLUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O46789_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–272； UniProt 22–293 作者链 D； PDB构建体 1–272； UniProt 22–293 作者链 G； PDB构建体 1–272； UniProt 22–293 作者链 J； PDB构建体 1–272； UniProt 22–293

BETA-2-MICROGLOBULIN

GALLUS GALLUS

UniProt P21611

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） SLP-76 ADAPTOR PROTEIN × 1 （Q9DG07） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 22–119 作者链 E； PDB构建体 1–98； UniProt 22–119 作者链 H； PDB构建体 1–98； UniProt 22–119 作者链 K； PDB构建体 1–98； UniProt 22–119

SLP-76 ADAPTOR PROTEIN

物种未注明

UniProt Q9DG07

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2 × 1 （O46789） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P21611） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9DG07_CHICK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–8； UniProt 159–166 作者链 F； PDB构建体 1–8； UniProt 159–166 作者链 I； PDB构建体 1–8； UniProt 159–166 作者链 L； PDB构建体 1–8； UniProt 159–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4d0d
沉积日期 deposition_date	2014-04-25
结构标题 title	COMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 8MER CHICKEN PEPTIDE
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4d0d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4d0d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4d0d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.06 Å
Rg（电子密度）	23.04 Å
总 Rg	23.95 Å
原子数	3035
残基数	379
排除体积	53306 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4d0d__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4d0d__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4d0d__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4d0d__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
分子量 formula_weight	35349.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	12111

ELHTLRYIRTAMTDPGPGLPWYVDVGYVDGELFVHYNSTARRYVPRTEWIAAKADQQYWDGQTQIGQGNEQIDRENLGILQRRYNQTGGSHTVQWMYGCDILEGGPIRGYYQMAYDGRDFTAFDKGTMTFTAAVPEAVPTKRKWEEGDYAEGLKQYLEETCVEWLRRYVEYGKAELGRRERPEVRVWGKEADGILTLSCRAHGFYPRPIVVSWLKDGAVRGQDAHSGGIVPNGDGTYHTWVTIDAQPGDGDKYQCRVEHASLPQPGLYSWEPRSGGGLNDIFEAQKIEWHENSSSVDKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	GALLUS GALLUS
通用名 common_name	CHICKEN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BETA-2-MICROGLOBULIN
分子量 formula_weight	11062.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

DLTPKVQVYSRFPASAGTKNVLNCFAAGFHPPKISITLMKDGVPMEGAQYSDMSFNDDWTFQRLVHADFTPSSGSTYACKVEHETLKEPQVYKWDPEF

来源 Source

来源生物 organism	GALLUS GALLUS
通用名 common_name	CHICKEN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SLP-76 ADAPTOR PROTEIN
分子量 formula_weight	875.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

VIFPAKSL

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4d0dA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	4d0dA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4d0dB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4d0dD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	4d0dD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4d0dE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4d0dG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	4d0dG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4d0dH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4d0dJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	4d0dJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4d0dK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	88.080 Å
晶胞边长 b length_b	92.540 Å
晶胞边长 c length_c	223.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.130 Å
最低分辨率 resolution_low	81.950 Å
R 因子 r_factor	0.2928
R_work r_work	0.2925
R_free r_free	0.2986

COMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 8MER CHICKEN PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BETA-2-MICROGLOBULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SLP-76 ADAPTOR PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4d0d__assembly_1__model_1

4d0d__assembly_1__model_1 | I(q)

4d0d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

COMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 8MER CHICKEN PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BETA-2-MICROGLOBULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SLP-76 ADAPTOR PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4d0d__assembly_1__model_1

4d0d__assembly_1__model_1 | I(q)

4d0d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)