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4d69

SOYBEAN AGGLUTININ FROM GLYCINE MAX IN COMPLEX WITH THE ANTIGEN Tn

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LECTIN

物种未注明

UniProt P05046

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
10 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
11 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
12 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
3 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
4 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
5 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
6 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
7 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
8 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
9 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 SHORT ANTIGEN PEPTIDE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1g9f 1sbd 1sbe 1sbf 2sba 4d69 4d69 4d69 4d69 4d69 4d69 4d69

共 17 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LEC_SOYBN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 B； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 C； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 D； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 E； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 F； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 G； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 H； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 I； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 J； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 K； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285 作者链 L； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4d69
沉积日期 deposition_date2014-11-10
结构标题 titleSOYBEAN AGGLUTININ FROM GLYCINE MAX IN COMPLEX WITH THE ANTIGEN Tn
关键词 keywordsSUGAR-BINDING PROTEIN, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4d69__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4d69__assembly_6__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4d69__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）18.23 Å
Rg（电子密度）16.96 Å
总 Rg18.05 Å
原子数1868
残基数236
排除体积33190 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4d69__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4d69__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 4d69__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 4d69__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 4d69__assembly_5__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 4d69__assembly_6__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 4d69__assembly_7__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 4d69__assembly_8__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 4d69__assembly_9__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 4d69__assembly_10__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 4d69__assembly_11__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 4d69__assembly_12__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id4d69A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69F00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69H00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69I00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69J00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69K00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4d69L00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
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7. 引用文献 (1)