SAXSdb — 4d7q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RALF, PROLINE/BETAINE TRANSPORTER

RICKETTSIA PROWAZEKII

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 NITRATE ION × 1 GLYCEROL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M9TGB4_RICPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 197–344； UniProt 189–336

RALF, PROLINE/BETAINE TRANSPORTER

RICKETTSIA PROWAZEKII

UniProt Q8RT31

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 NITRATE ION × 1 GLYCEROL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8RT31_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–196； UniProt 2–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4d7q
沉积日期 deposition_date	2014-11-27
结构标题 title	Crystal structure of a chimeric protein with the Sec7 domain of Legionella pneumophila RalF and the capping domain of Rickettsia prowazekii RalF
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR, BACTERIAL PATHOGENS; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4d7q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4d7q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4d7q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.91 Å
Rg（电子密度）	21.72 Å
总 Rg	22.63 Å
原子数	2938
残基数	347
排除体积	51090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4d7q__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RALF, PROLINE/BETAINE TRANSPORTER
分子量 formula_weight	40515.7 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3214

MKHHHHHHPEIEKAQREIIEAFNAKPKNGINKIKEICEQYKISPNEEIAEFFHQQRKNLDLEAVGDYLSSPEAENQQVLKAFTSQMNFNGQSFVEGLRTFLKTFKLPGEAQKIDRLVQSFSGAYFQQNPDVVSNADAAYLLAFQTIMLNTDLHNPSIPEKNKMTVYGLKRNLRGGNNGGDFDAKFLEELYSEIKAKPFELNFVDSSPGYQINNISSQNDKTFKQLNQFLEEKRNIQNIFPKLQNNNLTIEFKNPKTFLSKFTGYKGSVIIKDEKSGAAEIQVYKPSIFSRWFLGEKSKIIIQPLREEGRQPSEQSLKLAAQITASFETKVTSIKATYDYLKEDLKSQYDNIR

来源 Source

来源生物 organism	RICKETTSIA PROWAZEKII
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272947
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	268

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4d7qA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4d7qA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2

结构域编号 domain_id	4d7qA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — sec7 domains

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晶胞边长 a length_a	40.310 Å
晶胞边长 b length_b	77.440 Å
晶胞边长 c length_c	119.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	38.720 Å
R 因子 r_factor	0.1773
R_work r_work	0.1752
R_free r_free	0.2168

Crystal structure of a chimeric protein with the Sec7 domain of Legionella pneumophila RalF and the capping domain of Rickettsia prowazekii RalF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RALF, PROLINE/BETAINE TRANSPORTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RALF, PROLINE/BETAINE TRANSPORTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4d7q__assembly_1__model_1

4d7q__assembly_1__model_1 | I(q)

4d7q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a chimeric protein with the Sec7 domain of Legionella pneumophila RalF and the capping domain of Rickettsia prowazekii RalF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RALF, PROLINE/BETAINE TRANSPORTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RALF, PROLINE/BETAINE TRANSPORTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4d7q__assembly_1__model_1

4d7q__assembly_1__model_1 | I(q)

4d7q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)