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4d8p

Structural and functional studies of the trans-encoded HLA-DQ2.3 (DQA1*03:01/DQB1*02:01) molecule

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA-DQA1 protein

Homo sapiens

UniProt L8E864

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–217 片段：UNP residues 24-217 Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain × 1 （Q94G94,Q5Y7D3） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Li2So4, 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 8% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.283
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 24–217 片段：UNP residues 24-217 Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain × 1 （Q94G94,Q5Y7D3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Li2So4, 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 8% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 L8E864_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–194； UniProt 24–217 作者链 C； PDB构建体 1–194； UniProt 24–217

Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain

Homo sapiens

UniProt Q5Y7D3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 33–230 突变：Q26E, Q23E HLA-DQA1 protein × 1 （L8E864） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Li2So4, 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 8% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.283
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 33–230 突变：Q26E, Q23E HLA-DQA1 protein × 1 （L8E864） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Li2So4, 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 8% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4D8P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4OZF JR5.1 protein complex 提交 2014-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 33–224（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15 - 0.25M CaOAc, 0.1M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives:2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
4OZG D2 protein complex 提交 2014-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 33–224（192 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
4OZG D2 protein complex 提交 2014-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 33–224（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
4OZH S16 protein complex 提交 2014-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 33–224（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
4OZH S16 protein complex 提交 2014-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 33–224（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
4OZI S2 protein complex 提交 2014-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 33–224（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
分辨率 3.20 Å R-free 0.243
4OZI S2 protein complex 提交 2014-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 33–224（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
分辨率 3.20 Å R-free 0.243

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5Y7D3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 34–231； UniProt 33–230 作者链 D； PDB构建体 34–231； UniProt 33–230

Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain

Homo sapiens

UniProt Q94G94

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 68–81 突变：Q26E, Q23E HLA-DQA1 protein × 1 （L8E864） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Li2So4, 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 8% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.283
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 68–81 突变：Q26E, Q23E HLA-DQA1 protein × 1 （L8E864） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Li2So4, 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 8% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q94G94_WHEAT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 5–18； UniProt 68–81 作者链 D； PDB构建体 5–18； UniProt 68–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4d8p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4d8p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4d8p
沉积日期 deposition_date2012-01-11
结构标题 titleStructural and functional studies of the trans-encoded HLA-DQ2.3 (DQA1*03:01/DQB1*02:01) molecule
关键词 keywordsclass II MHC, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.43 Å
零角强度 I(0) i0120046000.00
分子量 molecular_weight86430.0 kDa
排除体积 excluded_volume108090 ų
包络体积 envelope_volume140920 ų
水化壳体积 shell_volume40258 ų
包络直径 envelope_diameter99.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.79 Å
包络 Rg envelope_rg27.89 Å
形状 Rg shape_rg28.44 Å
总 Rg total_rg29.26 Å
总原子数 total_atoms6114
残基数 n_residues749
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.1 Å
Rg (实空间) rg_real29.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal120100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8967
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.6 Å
偏度 Skewness skewness0.067
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15660000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4d8pA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4d8pA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4d8pB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4d8pB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4d8pC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4d8pC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4d8pD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4d8pD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)