4d9j

Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 223.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–164 链 B； UniProt 3–164 链 C； UniProt 3–164 链 D； UniProt 3–164 链 E； UniProt 3–164 链 F； UniProt 3–164	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.294
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 3–164 链 H； UniProt 3–164 链 I； UniProt 3–164 链 J； UniProt 3–164 链 K； UniProt 3–164 链 L； UniProt 3–164	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4D9J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AA7 INFLUENZA VIRUS MATRIX PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE AT PH 4.0 提交 1997-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；20% PEG 3350, 50MM NAH2PO4, PH 4.0	分辨率 2.08 Å R-free 0.280
1EA3 Influenza virus M1 protein 提交 2000-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-164	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH7.5, 5% V/V ISOPROPANOL,6-10% PEG4000, pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.313
1EA3 Influenza virus M1 protein 提交 2000-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–164（164 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-164	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH7.5, 5% V/V ISOPROPANOL,6-10% PEG4000, pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.313
1HHI THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2 提交 1993-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 58–66（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1HHI THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2 提交 1993-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 58–66（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
3VDX Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains 提交 2012-01-06	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 3–164（162 aa）链 B 3–164（162 aa）链 C 3–164（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
4IQ4 Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, P21212 form 提交 2013-01-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 3–165（163 aa）链 B 3–165（163 aa）链 C 3–165（163 aa）链 D 3–165（163 aa）链 E 3–165（163 aa）链 F 3–165（163 aa）	突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3,000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.231
4ITV Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, P212121 form 提交 2013-01-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 3–164（162 aa）链 B 3–164（162 aa）链 C 3–164（162 aa）链 D 3–164（162 aa）链 E 3–164（162 aa）链 F 3–164（162 aa）链 G 3–164（162 aa）链 H 3–164（162 aa）链 I 3–164（162 aa）链 J 3–164（162 aa）链 K 3–164（162 aa）链 L 3–164（162 aa）	突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.60 Å R-free 0.240
4IVJ Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, I222 form 提交 2013-01-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 3–165（163 aa）链 B 3–165（163 aa）链 C 3–165（163 aa）	突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 7.35 Å R-free 0.288
4QES Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, I222 form 提交 2014-05-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999	突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.4, 11% PEG3000, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.19 Å R-free 0.295
4QF0 Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P21212 form 提交 2014-05-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 F 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999	突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Tris, pH 7.0, 10% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 3% trehalose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 6.49 Å R-free 0.324
4QFF Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P212121 form 提交 2014-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 F 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 G 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 H 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 I 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 J 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 K 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999 链 L 3–164（162 aa）片段：SEE REMARK 999	突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 5.8, 10% PEG8000, 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 7.81 Å R-free 0.339
5CQE 2.1 Angstrom resolution crystal structure of matrix protein 1 (M1; residues 1-164) from Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/34(H1N1)) 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）链 B 1–164（164 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；Protein: 12.8 mg/mL 10 mM Tris-HCl pH 8.3 500 mM NaCl 0.5 mM TCEP Crsytallization: The JCSG+ Suite (B9: 100 mM Citric acid pH 4.0 20% (w/v) PEG 6000; final pH 5.0 Cryocondition: Crystallization condition + sucrose (50%)	分辨率 2.10 Å R-free 0.197
5EUO PF6-M1-HLA-A2 提交 2015-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 58–66（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG3350, Imidazole	分辨率 2.10 Å R-free 0.281
5EUO PF6-M1-HLA-A2 提交 2015-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 58–66（9 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG3350, Imidazole	分辨率 2.10 Å R-free 0.281
6Z5L Helical reconstruction of influenza A virus M1 in complex with nucleic acid. 提交 2020-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 80 PDB 声明：80-meric	链 A 1–252（252 aa）	突变：R134K	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 10 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was applied 3 times each with 30s adsorption time	分辨率 3.80 Å

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M1_I34A1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 B； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 C； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 D； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 E； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 F； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 G； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 H； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 I； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 J； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 K； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164 作者链 L； PDB构建体 287–448； UniProt 3–164

Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1

Influenza A virus

UniProt P29715

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–278 链 B； UniProt 1–278 链 C； UniProt 1–278 链 D； UniProt 1–278 链 E； UniProt 1–278 链 F； UniProt 1–278	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.294
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–278 链 H； UniProt 1–278 链 I； UniProt 1–278 链 J； UniProt 1–278 链 K； UniProt 1–278 链 L； UniProt 1–278	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4D9J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BRO BROMOPEROXIDASE A2 提交 1996-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–277（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1.8 M AMMONIUM SULFATE PH 8.0.	分辨率 2.05 Å
1BRO BROMOPEROXIDASE A2 提交 1996-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–277（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1.8 M AMMONIUM SULFATE PH 8.0.	分辨率 2.05 Å
1BRT BROMOPEROXIDASE A2 MUTANT M99T 提交 1998-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–277（277 aa）	突变：M99T	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；1.8 M AMMONIUM SULFATE 0.1 M TRIS/HCL, PH 8.5.	分辨率 1.50 Å R-free 0.164
3VDX Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains 提交 2012-01-06	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–278（278 aa）链 B 1–278（278 aa）链 C 1–278（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
4IQ4 Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, P21212 form 提交 2013-01-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–278（278 aa）链 B 1–278（278 aa）链 C 1–278（278 aa）链 D 1–278（278 aa）链 E 1–278（278 aa）链 F 1–278（278 aa）	突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3,000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.231
4ITV Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, P212121 form 提交 2013-01-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–278（278 aa）链 B 1–278（278 aa）链 C 1–278（278 aa）链 D 1–278（278 aa）链 E 1–278（278 aa）链 F 1–278（278 aa）链 G 1–278（278 aa）链 H 1–278（278 aa）链 I 1–278（278 aa）链 J 1–278（278 aa）链 K 1–278（278 aa）链 L 1–278（278 aa）	突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.60 Å R-free 0.240
4IVJ Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, I222 form 提交 2013-01-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–278（278 aa）链 B 1–278（278 aa）链 C 1–278（278 aa）	突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 7.35 Å R-free 0.288
4QES Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, I222 form 提交 2014-05-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999	突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.4, 11% PEG3000, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.19 Å R-free 0.295
4QF0 Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P21212 form 提交 2014-05-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 F 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999	突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Tris, pH 7.0, 10% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 3% trehalose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 6.49 Å R-free 0.324
4QFF Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P212121 form 提交 2014-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 F 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 G 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 H 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 I 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 J 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 K 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999 链 L 1–278（278 aa）片段：SEE REMARK 999	突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 5.8, 10% PEG8000, 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 7.81 Å R-free 0.339

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BPOA2_STRAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 B； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 C； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 D； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 E； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 F； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 G； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 H； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 I； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 J； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 K； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 L； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4d9j
沉积日期 deposition_date	2012-01-11
结构标题 title	Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains
关键词 keywords	protein design, bionanotechnology, protein assembly, symmetry, biomaterials, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	74.03 Å
零角强度 I(0) i0	4451870000.00
分子量 molecular_weight	574190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	721940 Å³
包络体积 envelope_volume	1115700 Å³
水化壳体积 shell_volume	132190 Å³
包络直径 envelope_diameter	261.2 Å
壳层 Rg shell_rg	65.26 Å
包络 Rg envelope_rg	72.49 Å
形状 Rg shape_rg	74.01 Å
总 Rg total_rg	73.94 Å
总原子数 total_atoms	40596
残基数 n_residues	5256
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.3 Å
Rg (实空间) rg_real	73.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4438000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8384
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	85.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0111
最高正则化参数 α highest_alpha	200000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.020

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

CATH v4.4 (36 domains)

结构域编号 domain_id	4d9jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jG03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jH03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jI03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jJ03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jK03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	4d9jL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4d9jL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1

结构域编号 domain_id	4d9jL03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	122.700 Å
晶胞边长 b length_b	187.410 Å
晶胞边长 c length_c	283.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.920 Å
最低分辨率 resolution_low	19.893 Å
R 因子 r_factor	0.2828
R_work r_work	0.2822
R_free r_free	0.2936

描述 description	Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
分子量 formula_weight	50264.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	40596

Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

CATH v4.4 (36 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/d9/4d9j/4d9j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d9/4d9j/4d9j.pr.out
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