SAXSdb — 4dbb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 453–496 链 A； UniProt 509–643	片段：PTB DOMAIN, UNP residues 453-643 with deletion of residues 497-508	CL CHLORIDE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% isopropanol, 25% glycerol, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.15 M NaCl, 0.2 M ammonium acetate, 2 mM TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DBB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6KMH The crystal structure of CASK/Mint1 complex 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 338–397（60 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KI, 20% PEG 3350, pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.224
6KMH The crystal structure of CASK/Mint1 complex 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 338–397（60 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KI, 20% PEG 3350, pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.224
7XSJ The structure of the Mint1/Munc18-1/syntaxin-1 complex 提交 2022-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 227–303（77 aa）片段：MID	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；0.2M Sodium Malonate, pH 7.0, 20% (v/v) PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.270
9M6G the crystal structure of the Ca2+/CaM-CASK-CaMK-Mint1-CID complex 提交 2025-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 338–397（60 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MLI MALONATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；289 K；0.1 M Sodium malonate, pH 5.0, 12% (v/v) PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.187

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APBA1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–44； UniProt 453–496 作者链 A； PDB构建体 45–162； UniProt 509–643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dbb
沉积日期 deposition_date	2012-01-13
结构标题 title	The PTB domain of Mint1 is autoinhibited by a helix in the C-terminal linker region
关键词 keywords	X11S/MINTS, PTB DOMAIN, CHIMERA PROTEIN, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.14 Å
零角强度 I(0) i0	6096020.00
分子量 molecular_weight	17539.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21925 Å³
包络体积 envelope_volume	27063 Å³
水化壳体积 shell_volume	14389 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.6 Å
壳层 Rg shell_rg	21.70 Å
包络 Rg envelope_rg	16.48 Å
形状 Rg shape_rg	16.14 Å
总 Rg total_rg	17.19 Å
总原子数 total_atoms	2463
残基数 n_residues	150
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0960e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6740e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6096000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8954
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.354
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	976200.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1
分子量 formula_weight	18408.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2558

DPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSDKTPSKNVRMMQAQEAVSRIKPEGESQPMTEVDLFISTQRIKVLNADTQEPMMDHPLRTISYIADIGNIVVLMARRRMPRSQYKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSVAYQEFLRANGINPEDLSQKEYSDLLNTQDMY

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4dbba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.2 — Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4dbbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.729 Å
晶胞边长 b length_b	64.729 Å
晶胞边长 c length_c	115.155 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.901 Å
最低分辨率 resolution_low	33.016 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1966
R_free r_free	0.2252

fit	/app/data/saxs_computation/db/4dbb/4dbb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/db/4dbb/4dbb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/db/4dbb/4dbb.dat

The PTB domain of Mint1 is autoinhibited by a helix in the C-terminal linker region