SAXSdb — 4dcy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nickel-binding periplasmic protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ACETATE ION × 15 GLYCEROL × 13 ;{(R)-N-[(1S,2S)-2-{methyl[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]amino-kappaN}cyclohexyl]-N-[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]glycinato-kappa~2~N,O}iron(2+) ; × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ACETATE ION × 5 GLYCEROL × 5 ;{(R)-N-[(1S,2S)-2-{methyl[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]amino-kappaN}cyclohexyl]-N-[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]glycinato-kappa~2~N,O}iron(2+) ; × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIKA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–502； UniProt 23–524 作者链 B； PDB构建体 1–502； UniProt 23–524

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dcy
沉积日期 deposition_date	2012-01-18
结构标题 title	X-ray structure of NikA in complex with Fe(1S,2S)-N,N-kappa-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine
关键词 keywords	TRANSPORT PROTEIN, Protein-bound iron complex, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dcy__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dcy__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dcy__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.95 Å
Rg（电子密度）	23.86 Å
总 Rg	24.74 Å
原子数	4036
残基数	498
排除体积	71978 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dcy__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`4dcy__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nickel-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	56360.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9373

AAPDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPVKP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;{(R)-N-[(1S,2S)-2-{methyl[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]amino-kappaN}cyclohexyl]-N-[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]glycinato-kappa~2~N,O}iron(2+) ;
分子量 formula_weight	423.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	973

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4dcya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d4dcyb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4dcyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4dcyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	105 — Dipeptide-binding Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dipeptide-binding Protein; Domain 3

结构域编号 domain_id	4dcyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4dcyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	105 — Dipeptide-binding Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dipeptide-binding Protein; Domain 3

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晶胞边长 a length_a	86.880 Å
晶胞边长 b length_b	95.190 Å
晶胞边长 c length_c	125.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	41.742 Å
R 因子 r_factor	0.1486
R_work r_work	0.1461
R_free r_free	0.1958

X-ray structure of NikA in complex with Fe(1S,2S)-N,N-kappa-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nickel-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dcy__assembly_2__model_1

4dcy__assembly_2__model_1 | I(q)

4dcy__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray structure of NikA in complex with Fe(1S,2S)-N,N-kappa-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nickel-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dcy__assembly_2__model_1

4dcy__assembly_2__model_1 | I(q)

4dcy__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)