4dhj

The structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin thioesterase otubain-like

Caenorhabditis elegans

UniProt Q9XVR6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OTUBL_CAEEL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–284; UniProt 1–284 作者链 E; PDB构建体 1–284; UniProt 1–284 作者链 I; PDB构建体 1–284; UniProt 1–284 作者链 L; PDB构建体 1–284; UniProt 1–284

Ubiquitin aldehyde

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 (P61088) water × 3 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 F; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 J; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 M; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 D; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 H; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

Homo sapiens

UniProt P61088

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) water × 3 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) water × 3 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Ubiquitin thioesterase otubain-like × 1 (Q9XVR6) Ubiquitin aldehyde × 1 (P0CG48) water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBE2N_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–152; UniProt 1–152 作者链 G; PDB构建体 1–152; UniProt 1–152 作者链 K; PDB构建体 1–152; UniProt 1–152 作者链 N; PDB构建体 1–152; UniProt 1–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4dhj
沉积日期 deposition_date2012-01-27
结构标题 titleThe structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex
关键词 keywordsubiquitination, HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN-LIGASE complex; HYDROLASE/SIGNALING PROTEIN/LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dhj__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dhj__assembly_5__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dhj__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)27.62 Å
Rg(电子密度)26.65 Å
总 Rg27.36 Å
原子数3709
残基数464
排除体积66279 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4dhj__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4dhj__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 4dhj__assembly_3__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 4dhj__assembly_4__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 4dhj__assembly_5__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 4dhj__assembly_6__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_idd4dhja_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4dhjb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd4dhjc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd4dhjd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd4dhje_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4dhjf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd4dhjg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd4dhjh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd4dhji_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4dhjj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd4dhjk_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd4dhjl_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4dhjm_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd4dhjn_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id4dhjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1
结构域编号 domain_id4dhjA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2
结构域编号 domain_id4dhjB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4dhjC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id4dhjD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4dhjE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1
结构域编号 domain_id4dhjE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2
结构域编号 domain_id4dhjF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4dhjG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id4dhjH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4dhjI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1
结构域编号 domain_id4dhjI02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2
结构域编号 domain_id4dhjJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4dhjK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id4dhjL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1
结构域编号 domain_id4dhjL02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2
结构域编号 domain_id4dhjM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4dhjN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
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7. 引用文献 (1)