4djd

Crystal structure of folate-free corrinoid iron-sulfur protein (CFeSP) in complex with its methyltransferase (MeTr)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase

Moorella thermoacetica

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit × 2 （Q07340） Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit × 2 （Q07341） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 COBALAMIN × 2 GLYCEROL × 10 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q46389_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 B； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262

Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit

物种未注明

UniProt Q07340

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase × 2 （Q46389） Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit × 2 （Q07341） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 COBALAMIN × 2 GLYCEROL × 10 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACSC_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–446； UniProt 1–446 作者链 E； PDB构建体 1–446； UniProt 1–446

Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit

物种未注明

UniProt Q07341

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase × 2 （Q46389） Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit × 2 （Q07340） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 COBALAMIN × 2 GLYCEROL × 10 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACSD_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323 作者链 F； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4djd
沉积日期 deposition_date	2012-02-01
结构标题 title	Crystal structure of folate-free corrinoid iron-sulfur protein (CFeSP) in complex with its methyltransferase (MeTr)
关键词 keywords	TIM barrel, Rossmann fold, B12-dependent methyltransferase, TRANSFERASE-VITAMIN-BINDING PROTEIN complex; TRANSFERASE/VITAMIN-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4djd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4djd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4djd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.99 Å
Rg（电子密度）	42.56 Å
总 Rg	42.50 Å
原子数	15422
残基数	2052
排除体积	274770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4djd__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase
分子量 formula_weight	28638.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15832

MLIIGERINGMFGDIKRAIQERDPAPVQEWARRQEEGGARALDLNVGPAVQDKVSAMEWLVEVTQEVSNLTLCLDSTNIKAIEAGLKKCKNRAMINSTNAEREKVEKLFPLAVEHGAALIGLTMNKTGIPKDSDTRLAFAMELVAAADEFGLPMEDLYIDPLILPANVAQDHAPEVLKTLQQIKMLADPAPKTVLGLSNVSQNCQNRPLINRTFLAMAMACGLDAAIADACDEALIETAATAEILLNQTVYCDSFVKMFKTR

来源 Source

来源生物 organism	Moorella thermoacetica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1525
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit
分子量 formula_weight	48207.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

MPLTGLEIYKQLPKKNCGECGTPTCLAFAMNLASGKASLDSCPYVSDAAREALDAAAAPPIAKVVLGAGPTAVEMGDETELFRHDKRFYHETAIAIQVSDNLSSEELKAKVEAINGLNFDRVGQHYTIQAIAIRHDADDPAAFKAAVASVAAATQLNLVLMADDPDVLKEALAGVADRKPLLYAATGANYEAMTALAKENNCPLAVYGNGLEELAELVDKIVALGHKQLVLDPGARETSRAIADFTQIRRLAIKKRFRSFGYPIIALTTAANPLDEVLQAVNYVTKYASLVVLRTDAKEHLLPLLSWRQNLYTDPQVPIRVEEKLNEIGAVNENSPVYVTTNFSLTYYSVEGEIESTKIPSYLLSVDTDGLSVLTAYADGKFEAEKIAAVMKKVDLDNKVKRHRIIIPGAVAVLKGKLEDLTGWEVIVGPREASGIVAFARANLAS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit
分子量 formula_weight	35107.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

MAVQILRDRSRAAVQKVVLGATKDQGGTRSHTIVVGGDAALPFHHFEGEIVNRPVIGMEVQDIVPDWPDVLKDPFTDVINEPGRWAQKCVAEYGADLIYLKLDGADPEGANHSVDQCVATVKEVLQAVGVPLVVVGCGDVEKDHEVLEAVAEAAAGENLLLGNAEQENYKSLTAACMVHKHNIIARSPLDINICKQLNILINEMNLPLDHIVIDPSIGGLGYGIEYSFSIMERIRLGALQGDKMLSMPVICTVGYEAWRAKEASAPVSEYPGWGKETERGILWEAVTATALLQAGAHILLMRHPEAVARVKENIDQLMVSNAY

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	401

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4djda_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.2 — Methyltetrahydrofolate-utiluzing methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4djdb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.2 — Methyltetrahydrofolate-utiluzing methyltransferases

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4djdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	4djdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	4djdC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	4djdC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11600 —

结构域编号 domain_id	4djdD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	4djdE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	4djdE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11600 —

结构域编号 domain_id	4djdF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

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晶胞边长 a length_a	125.614 Å
晶胞边长 b length_b	242.843 Å
晶胞边长 c length_c	79.665 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	39.833 Å
R 因子 r_factor	0.1891
R_work r_work	0.1869
R_free r_free	0.2287

Crystal structure of folate-free corrinoid iron-sulfur protein (CFeSP) in complex with its methyltransferase (MeTr)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4djd__assembly_1__model_1

4djd__assembly_1__model_1 | I(q)

4djd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of folate-free corrinoid iron-sulfur protein (CFeSP) in complex with its methyltransferase (MeTr)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4djd__assembly_1__model_1

4djd__assembly_1__model_1 | I(q)

4djd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)