4djz

Catalytic fragment of masp-1 in complex with its specific inhibitor developed by directed evolution on sgci scaffold

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannan-binding lectin serine protease 1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P48740

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Protease inhibitor SGPI-2 × 1 (O46162) water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Protease inhibitor SGPI-2 × 1 (O46162) water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MASP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–155; UniProt 298–448 作者链 C; PDB构建体 5–155; UniProt 298–448 作者链 B; PDB构建体 1–251; UniProt 449–699 作者链 D; PDB构建体 1–251; UniProt 449–699

Protease inhibitor SGPI-2

Schistocerca gregaria

UniProt O46162

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Mannan-binding lectin serine protease 1 heavy chain × 1 (P48740) Mannan-binding lectin serine protease 1 light chain × 1 (P48740) water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Mannan-binding lectin serine protease 1 heavy chain × 1 (P48740) Mannan-binding lectin serine protease 1 light chain × 1 (P48740) water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SGP1_SCHGR
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 4–38; UniProt 57–91 作者链 I; PDB构建体 4–38; UniProt 57–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4djz
沉积日期 deposition_date2012-02-03
结构标题 titleCatalytic fragment of masp-1 in complex with its specific inhibitor developed by directed evolution on sgci scaffold
关键词 keywordsin vitro evolution, specific inhibitor, hydrolase, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4djz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4djz__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4djz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.94 Å
Rg(电子密度)32.93 Å
总 Rg32.83 Å
原子数3246
残基数433
排除体积57277 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4djz__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4djz__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4djzA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
结构域编号 domain_id4djzA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
结构域编号 domain_id4djzB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4djzB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4djzC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
结构域编号 domain_id4djzC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
结构域编号 domain_id4djzD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4djzD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
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7. 引用文献 (1)