SAXSdb — 4dkv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 gp120 core

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 N-(4-chlorophenyl)-N'-{(S)-[5-(2-hydroxyethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2S)-piperidin-2-yl]methyl}ethanediamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 N-(4-chlorophenyl)-N'-{(S)-[5-(2-hydroxyethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2S)-piperidin-2-yl]methyl}ethanediamide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0ED31_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–80； UniProt 43–122 作者链 A； PDB构建体 83–185； UniProt 201–303 作者链 A； PDB构建体 192–353； UniProt 325–486 作者链 B； PDB构建体 1–80； UniProt 43–122 作者链 B； PDB构建体 83–185； UniProt 201–303 作者链 B； PDB构建体 192–353； UniProt 325–486

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dkv
沉积日期 deposition_date	2012-02-04
结构标题 title	Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-10007
关键词 keywords	HIV-1 gp120, clade A/E, CD4 mimic, NBD-10007, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dkv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dkv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dkv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.87 Å
Rg（电子密度）	20.77 Å
总 Rg	21.75 Å
原子数	2877
残基数	339
排除体积	50559 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dkv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4dkv__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 gp120 core
分子量 formula_weight	39160.4 kDa
突变 mutation	V1V2 and V3 deletion, His 375 to Ser
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5922

VWKDADTTLFCASDAKAHETEVHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTENFNMWKNNMVEQMQEDVISLWDQSLQPCVKLTGGSVIKQACPKISFDPIPIHYCTPAGYVILKCNDKNFNGTGPCKNVSSVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEIIIRSENLTNNAKTIIVHLNKSVEINCTRPSNGGSGSGGDIRKAYCEINGTKWNKVLKQVTEKLKEHFNNKTIIFQPPSGGDLEITMHSFNCRGEFFYCNTTQLFNNTCIGNETMKGCNGTITLPCKIKQIINMWQGTGQAMYAPPIDGKINCVSNITGILLTRDGGANNTSNETFRPGGGNIKDNWRSELYKYKVVQIE

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(4-chlorophenyl)-N'-{(S)-[5-(2-hydroxyethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2S)-piperidin-2-yl]methyl}ethanediamide
分子量 formula_weight	437.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4dkvA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	40 — HIV Envelope Protein Gp120; Chain G
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein

结构域编号 domain_id	4dkvB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	40 — HIV Envelope Protein Gp120; Chain G
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein

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晶胞边长 a length_a	64.333 Å
晶胞边长 b length_b	68.773 Å
晶胞边长 c length_c	93.848 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.185 Å
最低分辨率 resolution_low	27.602 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1999
R_free r_free	0.2349

Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-10007

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 gp120 core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dkv__assembly_1__model_1

4dkv__assembly_1__model_1 | I(q)

4dkv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-10007

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 gp120 core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dkv__assembly_1__model_1

4dkv__assembly_1__model_1 | I(q)

4dkv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)