SAXSdb — 4dl0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit C

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 158–277	片段：C subunit head domain, UNP residues 158-277	V-type proton ATPase subunit G × 1 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 1 （P22203） SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 158–277	片段：C subunit head domain, UNP residues 158-277	V-type proton ATPase subunit G × 1 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 1 （P22203） SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DL0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U7L Crystal Structure of subunit C (vma5p) of the yeast V-ATPase 提交 2004-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–392（392 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；PEG 3350, di-sodium tartrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.234
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 158–277（120 aa）片段：UNP Residues 158-277	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 O 1–392（392 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

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UniProt名称	VATC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 11–130； UniProt 158–277 作者链 I； PDB构建体 11–130； UniProt 158–277

V-type proton ATPase subunit G

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P48836

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–114	未记录	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit E × 1 （P22203） SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–114	未记录	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit E × 1 （P22203） SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DL0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K88 Association of subunit d (Vma6p) and E (Vma4p) with G (Vma10p) and the NMR solution structure of subunit G (G1-59) of the Saccharomyces cerevisiae V1VO ATPase 提交 2008-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–58（57 aa）片段：G(1-59)subunit of V1Vo ATPase	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KWY Structure of G61-101 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–101（41 aa）片段：UNP residues 61-101	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 AMBIENT NMR样品组成 7 % D2O-1, 30 % [U-100% 2H] TFE-2, 25 mM sodium phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, Phosphate Buffer pH 6.8 \| Phosphate Buffer pH 6.8	分辨率未提供
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–114（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 J 2–114（113 aa）链 L 2–114（113 aa）链 N 2–114（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 j 2–114（113 aa）链 l 2–114（113 aa）链 n 2–114（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 J 2–114（113 aa）链 L 2–114（113 aa）链 N 2–114（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 j 2–114（113 aa）链 l 2–114（113 aa）链 n 2–114（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 H 1–114（114 aa）链 J 1–114（114 aa）链 L 1–114（114 aa）	突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATG_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 6–119； UniProt 1–114 作者链 K； PDB构建体 6–119； UniProt 1–114

V-type proton ATPase subunit E

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P22203

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–233	未记录	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit G × 1 （P48836） SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–233	未记录	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit G × 1 （P48836） SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DL0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KZ9 Structure of E1-69 of Yeast V-ATPase 提交 2010-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 AMBIENT NMR样品组成 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–233（233 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）链 M 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 i 1–233（233 aa）链 k 1–233（233 aa）链 m 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）链 M 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 i 1–233（233 aa）链 k 1–233（233 aa）链 m 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9NN1 Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p 提交 2025-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 J； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dl0
沉积日期 deposition_date	2012-02-05
结构标题 title	Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase
关键词 keywords	coiled-coil, heterotrimer, peripheral stalk, stator complex, hydrolase, ion transport, Vacuolar ATPase, vacuolar membrane; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.34 Å
零角强度 I(0) i0	150616000.00
分子量 molecular_weight	101640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127390 Å³
包络体积 envelope_volume	214250 Å³
水化壳体积 shell_volume	32492 Å³
包络直径 envelope_diameter	210.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.26 Å
包络 Rg envelope_rg	63.09 Å
形状 Rg shape_rg	65.33 Å
总 Rg total_rg	64.87 Å
总原子数 total_atoms	7104
残基数 n_residues	890
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	234.4 Å
Rg (实空间) rg_real	64.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6027
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.462
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.966
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0009
最高正则化参数 α highest_alpha	5888000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.019; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.026; Smooth: 0.754

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit C
分子量 formula_weight	14586.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,C
原子数 atom_count	7135

GPKVPESGSMNLAAAERKKTGDLSVRSLHDIVKPEDFVLNSEHLTTVLVAVPKSLKSDFEKSYETLSKNVVPASASVIAEDAEYVLFNVHLFKKNVQEFTTAAREKKFIPREFNYSEELIDQLKKEHDSA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13218.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,G

GPKVPMSQKNGIATLLQAEKEAHEIVSKARKYRQDKLKQAKTDAAKEIDSYKIQKDKELKEFEQKNAGGVGELEKKAEAGVQGELAEIKKIAEKKKDDVVKILIETVIKPSAEVHINAL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E
分子量 formula_weight	26508.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,E

MSSAITALTPNQVNDELNKMQAFIRKEAEEKAKEIQLKADQEYEIEKTNIVRNETNNIDGNFKSKLKKAMLSQQITKSTIANKMRLKVLSAREQSLDGIFEETKEKLSGIANNRDEYKPILQSLIVEALLKLLEPKAIVKALERDVDLIESMKDDIMREYGEKAQRAPLEEIVISNDYLNKDLVSGGVVVSNASDKIEINNTLEERLKLLSEEALPAIRLELYGPSKTRKFFD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIMETHYL LEAD ION
分子量 formula_weight	252.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4dl0e1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.36 — V-type ATPase peripheral stalk subunit E coiled coil
家族 Family family	h.1.36.1 — V-type ATPase peripheral stalk subunit E coiled coil

结构域编号 domain_id	d4dl0e2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.81.4 — V-type ATPase subunit E-like
家族 Family family	d.81.4.1 — V-type ATPase subunit E C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4dl0g_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.37 — V-type ATPase peripheral stalk subunit G coiled coil
家族 Family family	h.1.37.1 — V-type ATPase peripheral stalk subunit G coiled coil

结构域编号 domain_id	d4dl0j1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.36 — V-type ATPase peripheral stalk subunit E coiled coil
家族 Family family	h.1.36.1 — V-type ATPase peripheral stalk subunit E coiled coil

结构域编号 domain_id	d4dl0j2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.81.4 — V-type ATPase subunit E-like
家族 Family family	d.81.4.1 — V-type ATPase subunit E C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4dl0k_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.37 — V-type ATPase peripheral stalk subunit G coiled coil
家族 Family family	h.1.37.1 — V-type ATPase peripheral stalk subunit G coiled coil

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4dl0C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	4dl0E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ATP synthase, E subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	4dl0G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2950 —

结构域编号 domain_id	4dl0I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	4dl0J02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ATP synthase, E subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	4dl0K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2950 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.790 Å
晶胞边长 b length_b	105.611 Å
晶胞边长 c length_c	120.486 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.905 Å
最低分辨率 resolution_low	39.710 Å
R 因子 r_factor	0.2115
R_work r_work	0.2078
R_free r_free	0.2569

fit	/app/data/saxs_computation/dl/4dl0/4dl0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dl/4dl0/4dl0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dl/4dl0/4dl0.dat

Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)