SAXSdb — 4dnc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase KAT8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Male-specific lethal 1 homolog × 1 （Q68DK7） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Male-specific lethal 1 homolog × 1 （Q68DK7） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Male-specific lethal 1 homolog × 2 （Q68DK7） ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAT8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–289； UniProt 170–458 作者链 B； PDB构建体 1–289； UniProt 170–458

Male-specific lethal 1 homolog

Homo sapiens

UniProt Q68DK7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone acetyltransferase KAT8 × 1 （Q9H7Z6） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Histone acetyltransferase KAT8 × 1 （Q9H7Z6） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase KAT8 × 2 （Q9H7Z6） ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MSL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–48； UniProt 473–520 作者链 E； PDB构建体 1–48； UniProt 473–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dnc
沉积日期 deposition_date	2012-02-08
结构标题 title	Crystal structure of human MOF in complex with MSL1
关键词 keywords	histone acetyltransferase, MOF, MSL, NSL, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dnc__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dnc__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dnc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.44 Å
Rg（电子密度）	21.44 Å
总 Rg	22.55 Å
原子数	2612
残基数	313
排除体积	46923 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dnc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4dnc__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4dnc__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase KAT8
分子量 formula_weight	33983.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5372

HEAITKVKYVDKIHIGNYEIDAWYFSPFPEDYGKQPKLWLCEYCLKYMKYEKSYRFHLGQCQWRQPPGKEIYRKSNISVYEVDGKDHKIYCQNLCLLAKLFLDHKTLYFDVEPFVFYILTEVDRQGAHIVGYFSKEKESPDGNNVACILTLPPYQRRGYGKFLIAFSYELSKLESTVGSPEKPLSDLGKLSYRSYWSWVLLEILRDFRGTLSIKDLSQMTSITQNDIISTLQSLNMVKYWKGQHVICVTPKLVEEHLKSAQYKKPPITVDSVCLKWAPPKHKQVKLSKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Male-specific lethal 1 homolog
分子量 formula_weight	5764.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

LAVPSWRDHSVEPLRDPNPSDLLENLDDSVFSKRHAKLELDEKRRKRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4dnca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

结构域编号 domain_id	d4dncb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4dncA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — N-acetyl transferase-like

结构域编号 domain_id	4dncA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4dncA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4dncB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — N-acetyl transferase-like

结构域编号 domain_id	4dncB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4dncB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4dncD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3170 —

结构域编号 domain_id	4dncE00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3170 —

▶

晶胞边长 a length_a	64.801 Å
晶胞边长 b length_b	111.518 Å
晶胞边长 c length_c	66.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	40.994 Å
R 因子 r_factor	0.2123
R_work r_work	0.2084
R_free r_free	0.2463

Crystal structure of human MOF in complex with MSL1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase KAT8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Male-specific lethal 1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dnc__assembly_2__model_1

4dnc__assembly_2__model_1 | I(q)

4dnc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human MOF in complex with MSL1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase KAT8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Male-specific lethal 1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dnc__assembly_2__model_1

4dnc__assembly_2__model_1 | I(q)

4dnc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)