SAXSdb — 4dov

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Origin recognition complex subunit 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–170	片段：BAH domain (UNP residues 9-170) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M 3-(1-pyridino)-1-propane sulfonate, 0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.243
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 9–170	片段：BAH domain (UNP residues 9-170) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M 3-(1-pyridino)-1-propane sulfonate, 0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DOV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–170（162 aa）片段：BAH domain (UNP residues 9-170)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 9–170（162 aa）片段：BAH domain (UNP residues 9-170)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.95 Å R-free 0.257

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ORC1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–163； UniProt 9–170 作者链 C； PDB构建体 2–163； UniProt 9–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dov
沉积日期 deposition_date	2012-02-10
结构标题 title	Structure of free mouse ORC1 BAH domain
关键词 keywords	DNA replication, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.23 Å
零角强度 I(0) i0	19545300.00
分子量 molecular_weight	35042.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44481 Å³
包络体积 envelope_volume	56251 Å³
水化壳体积 shell_volume	20966 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.36 Å
包络 Rg envelope_rg	23.09 Å
形状 Rg shape_rg	23.24 Å
总 Rg total_rg	24.06 Å
总原子数 total_atoms	2467
残基数 n_residues	307
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8955
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3766000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.941

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4dovA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	490 — Bromo adjacent homology (BAH) domain

结构域编号 domain_id	4dovC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	490 — Bromo adjacent homology (BAH) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.922 Å
晶胞边长 b length_b	53.916 Å
晶胞边长 c length_c	71.971 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.696 Å
最低分辨率 resolution_low	22.414 Å
R 因子 r_factor	0.2159
R_work r_work	0.2146
R_free r_free	0.2431

描述 description	Origin recognition complex subunit 1
分子量 formula_weight	19039.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2707

Structure of free mouse ORC1 BAH domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Origin recognition complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	240

fit	/app/data/saxs_computation/do/4dov/4dov.fit
pddf	/app/data/pr_computation/do/4dov/4dov.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/do/4dov/4dov.dat