4dpg

Crystal Structure of Human LysRS: P38/AIMP2 Complex I

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine--tRNA ligase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ALANINE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581 作者链 B； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581 作者链 C； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581 作者链 D； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581 作者链 E； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581 作者链 F； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581 作者链 G； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581 作者链 H； PDB构建体 2–513； UniProt 70–581

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

Homo sapiens

UniProt Q13155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lysine--tRNA ligase × 2 （Q15046） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lysine--tRNA ligase × 2 （Q15046） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lysine--tRNA ligase × 2 （Q15046） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lysine--tRNA ligase × 2 （Q15046） LYSINE × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ALANINE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AIMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 J； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 K； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 L； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dpg
沉积日期 deposition_date	2012-02-13
结构标题 title	Crystal Structure of Human LysRS: P38/AIMP2 Complex I
关键词 keywords	lysyl-tRNA synthetase, LysRS, P38, AIMP2, multi tRNA synthetase complex sub-complex, Ligase-APOPTOSIS complex; Ligase/APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dpg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dpg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.20 Å
Rg（电子密度）	31.47 Å
总 Rg	32.00 Å
原子数	8291
残基数	1038
排除体积	147770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dpg__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4dpg__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4dpg__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4dpg__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysine--tRNA ligase
分子量 formula_weight	59240.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	33740

MSVDPNQYYKIRSQAIHQLKVNGEDPYPHKFHVDISLTDFIQKYSHLQPGDHLTDITLKVAGRIHAKRASGGKLIFYDLRGEGVKLQVMANSRNYKSEEEFIHINNKLRRGDIIGVQGNPGKTKKGELSIIPYEITLLSPCLHMLPHLHFGLKDKETRYRQRYLDLILNDFVRQKFIIRSKIITYIRSFLDELGFLEIETPMMNIIPGGAVAKPFITYHNELDMNLYMRIAPELYHKMLVVGGIDRVYEIGRQFRNEGIDLTHNPEFTTCEFYMAYADYHDLMEITEKMVSGMVKHITGSYKVTYHPDGPEGQAYDVDFTPPFRRINMVEELEKALGMKLPETNLFETEETRKILDDICVAKAVECPPPRTTARLLDKLVGEFLEVTCINPTFICDHPQIMSPLAKWHRSKEGLTERFELFVMKKEICNAYTELNDPMRQRQLFEEQAKAKAAGDDEAMFIDENFCTALEYGLPPTAGWGMGIDRVAMFLTDSNNIKEVLLFPAMKPEDKKEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2
分子量 formula_weight	6072.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

MPMYQVKPYHGGGAPLRVELPTCMYRLPNVHGRSYGPAPGAGHVQEESHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	542

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d4dpga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpga2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpge1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpge2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgg1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4dpgh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4dpgA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	4dpgB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	4dpgC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	4dpgD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	4dpgE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	4dpgF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	4dpgG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	4dpgH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4dpgH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

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晶胞边长 a length_a	79.200 Å
晶胞边长 b length_b	122.010 Å
晶胞边长 c length_c	149.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.16 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.71 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.844 Å
最低分辨率 resolution_low	46.836 Å
R 因子 r_factor	0.1866
R_work r_work	0.1847
R_free r_free	0.2229

Crystal Structure of Human LysRS: P38/AIMP2 Complex I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dpg__assembly_1__model_1

4dpg__assembly_1__model_1 | I(q)

4dpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Human LysRS: P38/AIMP2 Complex I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dpg__assembly_1__model_1

4dpg__assembly_1__model_1 | I(q)

4dpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)