4ds1

The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q02647

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–92 链 C; UniProt 1–92 未记录 Nucleoporin NUP159 × 2 (P40477) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.3 M Ammonium acetate, 5% methyl pentanediol (v/v), 35% PEG 4000 (w/v), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.85 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYL1_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–97; UniProt 1–92 作者链 C; PDB构建体 6–97; UniProt 1–92

Nucleoporin NUP159

物种未注明

UniProt P40477

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1116–1126 链 D; UniProt 1116–1126 片段:UNP residues 1116-1126 Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (Q02647) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.3 M Ammonium acetate, 5% methyl pentanediol (v/v), 35% PEG 4000 (w/v), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.85 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU159_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–11; UniProt 1116–1126 作者链 D; PDB构建体 1–11; UniProt 1116–1126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ds1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ds1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ds1
沉积日期 deposition_date2012-02-17
结构标题 titleThe Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction
关键词 keywordsnucleoporin, Dynein Light Chain fold, Peptide Binding, Nuclear Pore, STRUCTURAL PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex; STRUCTURAL PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.67
零角强度 I(0) i07656580.00
分子量 molecular_weight21735.0 kDa
排除体积 excluded_volume27813 ų
包络体积 envelope_volume29622 ų
水化壳体积 shell_volume15646 ų
包络直径 envelope_diameter53.8
壳层 Rg shell_rg21.97
包络 Rg envelope_rg16.05
形状 Rg shape_rg15.61
总 Rg total_rg16.98
总原子数 total_atoms1541
残基数 n_residues193
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.6
Rg (实空间) rg_real16.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real7.6570e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7657000.0000
解质量估计 total_estimate0.8010
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.3
偏度 Skewness skewness0.190
峰度 Kurtosis kurtosis-0.278
角度范围 angular_range— – 0.4750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2544000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4ds1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;
结构域编号 domain_id4ds1C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)