SAXSdb — 4ds1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nucleoporin NUP159 × 2 （P40477） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–97； UniProt 1–92 作者链 C； PDB构建体 6–97； UniProt 1–92

Nucleoporin NUP159

物种未注明

UniProt P40477

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 （Q02647） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU159_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 1116–1126 作者链 D； PDB构建体 1–11； UniProt 1116–1126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ds1
沉积日期 deposition_date	2012-02-17
结构标题 title	The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction
关键词 keywords	nucleoporin, Dynein Light Chain fold, Peptide Binding, Nuclear Pore, STRUCTURAL PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex; STRUCTURAL PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ds1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ds1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ds1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.81 Å
Rg（电子密度）	15.67 Å
总 Rg	16.98 Å
原子数	1541
残基数	193
排除体积	27813 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ds1__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dynein light chain 1, cytoplasmic
分子量 formula_weight	10868.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	1758

GPLGSMSDENKSTPIVKASDITDKLKEDILTISKDALDKYQLERDIAGTVKKQLDVKYGNTWHVIVGKNFGSYVTHEKGHFVYFYIGPLAFLVFKTA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP159
分子量 formula_weight	1210.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

NYAESGIQTDL

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	217

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4ds1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

结构域编号 domain_id	4ds1C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

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晶胞边长 a length_a	33.869 Å
晶胞边长 b length_b	47.971 Å
晶胞边长 c length_c	110.703 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.851 Å
最低分辨率 resolution_low	29.249 Å
R 因子 r_factor	0.1548
R_work r_work	0.1514
R_free r_free	0.1869

The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoporin NUP159

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ds1__assembly_1__model_1

4ds1__assembly_1__model_1 | I(q)

4ds1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoporin NUP159

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ds1__assembly_1__model_1

4ds1__assembly_1__model_1 | I(q)

4ds1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)