SAXSdb — 4dtt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-degrading enzyme

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 2-[[2-[[(2S)-3-(3H-IMIDAZOL-4-YL)-1-METHOXY-1-OXO-PROPAN-2-YL]AMINO]-2-OXO-ETHYL]-(PHENYLMETHYL)AMINO]ETHANOIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 2-[[2-[[(2S)-3-(3H-IMIDAZOL-4-YL)-1-METHOXY-1-OXO-PROPAN-2-YL]AMINO]-2-OXO-ETHYL]-(PHENYLMETHYL)AMINO]ETHANOIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 2 2-[[2-[[(2S)-3-(3H-IMIDAZOL-4-YL)-1-METHOXY-1-OXO-PROPAN-2-YL]AMINO]-2-OXO-ETHYL]-(PHENYLMETHYL)AMINO]ETHANOIC ACID × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IDE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–990； UniProt 42–1019 作者链 B； PDB构建体 13–990； UniProt 42–1019

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dtt
沉积日期 deposition_date	2012-02-21
结构标题 title	Crystal structure of human insulin degrading enzyme (ide) in complex with compund 41367
关键词 keywords	METALLOPROTEASE, ZINC BINDING, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dtt__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dtt__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dtt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.14 Å
Rg（电子密度）	29.01 Å
总 Rg	29.96 Å
原子数	7813
残基数	954
排除体积	139670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dtt__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4dtt__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4dtt__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Insulin-degrading enzyme
分子量 formula_weight	114561.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.56
突变 mutation	C110L,C171S,C178A,C257V,C414L,C573N,C590S,C789S,C812A,C819A,C904S,C966N,C974A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15713

MHHHHHHAAGIPMNNPAIKRIGNHITKSPEDKREYRGLELANGIKVLLISDPTTDKSSAALDVHIGSLSDPPNIAGLSHFLEHMLFLGTKKYPKENEYSQFLSEHAGSSNAFTSGEHTNYYFDVSHEHLEGALDRFAQFFLSPLFDESAKDREVNAVDSEHEKNVMNDAWRLFQLEKATGNPKHPFSKFGTGNKYTLETRPNQEGIDVRQELLKFHSAYYSSNLMAVVVLGRESLDDLTNLVVKLFSEVENKNVPLPEFPEHPFQEEHLKQLYKIVPIKDIRNLYVTFPIPDLQKYYKSNPGHYLGHLIGHEGPGSLLSELKSKGWVNTLVGGQKEGARGFMFFIINVDLTEEGLLHVEDIILHMFQYIQKLRAEGPQEWVFQELKDLNAVAFRFKDKERPRGYTSKIAGILHYYPLEEVLTAEYLLEEFRPDLIEMVLDKLRPENVRVAIVSKSFEGKTDRTEEWYGTQYKQEAIPDEVIKKWQNADLNGKFKLPTKNEFIPTNFEILPLEKEATPYPALIKDTAMSKLWFKQDDKFFLPKANLNFEFFSPFAYVDPLHSNMAYLYLELLKDSLNEYAYAAELAGLSYDLQNTIYGMYLSVKGYNDKQPILLKKIIEKMATFEIDEKRFEIIKEAYMRSLNNFRAEQPHQHAMYYLRLLMTEVAWTKDELKEALDDVTLPRLKAFIPQLLSRLHIEALLHGNITKQAALGIMQMVEDTLIEHAHTKPLLPSQLVRYREVQLPDRGWFVYQQRNEVHNNSGIEIYYQTDMQSTSENMFLELFAQIISEPAFNTLRTKEQLGYIVFSGPRRANGIQGLRFIIQSEKPPHYLESRVEAFLITMEKSIEDMTEEAFQKHIQALAIRRLDKPKKLSAESAKYWGEIISQQYNFDRDNTEVAYLKTLTKEDIIKFYKEMLAVDAPRRHKVSVHVLAREMDSNPVVGEFPAQNDINLSQAPALPQPEVIQNMTEFKRGLPLFPLVKPHINFMAAKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[[2-[[(2S)-3-(3H-IMIDAZOL-4-YL)-1-METHOXY-1-OXO-PROPAN-2-YL]AMINO]-2-OXO-ETHYL]-(PHENYLMETHYL)AMINO]ETHANOIC ACID
分子量 formula_weight	374.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	77

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4dttA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4dttA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4dttA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4dttA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4dttB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4dttB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4dttB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4dttB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

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晶胞边长 a length_a	263.518 Å
晶胞边长 b length_b	263.518 Å
晶胞边长 c length_c	90.401 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.220 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1780
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	0.2420

Crystal structure of human insulin degrading enzyme (ide) in complex with compund 41367

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-degrading enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dtt__assembly_2__model_1

4dtt__assembly_2__model_1 | I(q)

4dtt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human insulin degrading enzyme (ide) in complex with compund 41367

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-degrading enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dtt__assembly_2__model_1

4dtt__assembly_2__model_1 | I(q)

4dtt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)