SAXSdb — 4dvc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

Vibrio cholerae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–200	片段：UNP residues 19-200 突变：R134H, V164A	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 6.4；277.15 K；PEG 4000, MES, pH 6.4, hanging drop, temperature 277.15K	分辨率 1.20 Å R-free 0.139

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DVC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BED STRUCTURE OF DISULFIDE OXIDOREDUCTASE 提交 1996-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–200（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；10-13% EG 4K, 0.1M MES, PH 6.0-6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2IJY NMR structure ensemble for the reduced DsbA disulphide oxidoreductase from Vibrio Cholerae 提交 2006-10-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–200（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；320 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 400 uM DsbA U-15N,13C, 10 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, ph 6.8, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 400 uM DsbA 10%-13C, 10 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, ph 6.8, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7LUI Crystal structure of Vibrio cholerae DsbA in complex with bile salt taurocholate 提交 2021-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–200（181 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 TCH TAUROCHOLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 26-36% PEG4000	分辨率 1.74 Å R-free 0.204

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSBA_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–184； UniProt 19–200

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dvc
沉积日期 deposition_date	2012-02-23
结构标题 title	Structural and functional studies of TcpG, the Vibrio cholerae DsbA disulfide-forming protein required for pilus and cholera toxin production
关键词 keywords	Cholera, pilus assembly, oxidoreductase, Thioredoxin fold, DsbA-like, Disulfide bond, DsbB; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.45 Å
零角强度 I(0) i0	8101080.00
分子量 molecular_weight	20958.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26207 Å³
包络体积 envelope_volume	30656 Å³
水化壳体积 shell_volume	15265 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.89 Å
包络 Rg envelope_rg	18.02 Å
形状 Rg shape_rg	17.41 Å
总 Rg total_rg	18.49 Å
总原子数 total_atoms	2908
残基数 n_residues	184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.2 Å
Rg (实空间) rg_real	18.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1010e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8101000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8004
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.576
峰度 Kurtosis kurtosis	0.341
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2053000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.529; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.834; Smooth: 0.979

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiol:disulfide interchange protein DsbA
分子量 formula_weight	20748.6 kDa
突变 mutation	R134H, V164A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3281

SNAAQFKEGEHYQVLKTPASSSPVVSEFFSFYCPHCNTFEPIIAQLKQQLPEGAKFQKNHVSFMGGNMGQAMSKAYATMIALEVEDKMVPVMFNRIHTLRKPPKDEQELRQIFLDEGIDAAKFDAAYNGFAVDSMVHRFDKQFQDSGLTGVPAVVVNNRYLVQGQSAKSLDEYFDLVNYLLTLK

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	284

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4dvca1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.13 — DsbA-like

结构域编号 domain_id	d4dvca2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4dvcA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.654 Å
晶胞边长 b length_b	89.520 Å
晶胞边长 c length_c	64.263 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	32.132 Å
R 因子 r_factor	0.1198
R_work r_work	0.1191
R_free r_free	0.1392

fit	/app/data/saxs_computation/dv/4dvc/4dvc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dv/4dvc/4dvc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dv/4dvc/4dvc.dat

Structural and functional studies of TcpG, the Vibrio cholerae DsbA disulfide-forming protein required for pilus and cholera toxin production

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction