4dw7

Crystal structure of an active-site mutant of the glycoprotein Erns from the pestivirus BVDV-1 in complex with a CpU dinucleotide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E(rns) glycoprotein

Bovine viral diarrhea virus 1-CP7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1 其他聚合物 2	5'-R(CPU)-3' × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SULFATE ION × 3 water × 1	待复核
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1 其他聚合物 3	5'-R(CPU)-3' × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_BVDVC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–167； UniProt 271–435 作者链 B； PDB构建体 3–167； UniProt 271–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dw7
沉积日期 deposition_date	2012-02-24
结构标题 title	Crystal structure of an active-site mutant of the glycoprotein Erns from the pestivirus BVDV-1 in complex with a CpU dinucleotide
关键词 keywords	virus glycoprotein, T2 Ribonuclease, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-RNA complex; VIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dw7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dw7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dw7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.19 Å
Rg（电子密度）	16.44 Å
总 Rg	17.36 Å
原子数	1436
残基数	161
排除体积	25070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dw7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4dw7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E(rns) glycoprotein
分子量 formula_weight	18996.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.19
突变 mutation	H32K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2905

RSENITQWNLQDNGTEGIQRAMFQRGVNRSLKGIWPEKICTGVPSHLATDTELKAIHGMMDASEKTNYTCCRLQRHEWNKHGWCNWYNIEPWILLMNKTQANLTEGQPLRECAVTCRYDRDSDLNVVTQARDSPTPLTGCKKGKNFSFAGILVQGPCNFEIAVSDVL

来源 Source

来源生物 organism	Bovine viral diarrhea virus 1-CP7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	268305
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(CPU)-3'
分子量 formula_weight	566.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H,I

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4dw7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	730 — Ribonuclease Rh; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease T2-like

结构域编号 domain_id	4dw7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	730 — Ribonuclease Rh; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease T2-like

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晶胞边长 a length_a	105.896 Å
晶胞边长 b length_b	105.896 Å
晶胞边长 c length_c	211.794 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.080 Å
最低分辨率 resolution_low	45.850 Å
R 因子 r_factor	0.1996
R_work r_work	0.1973
R_free r_free	0.2454

Crystal structure of an active-site mutant of the glycoprotein Erns from the pestivirus BVDV-1 in complex with a CpU dinucleotide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E(rns) glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dw7__assembly_1__model_1

4dw7__assembly_1__model_1 | I(q)

4dw7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of an active-site mutant of the glycoprotein Erns from the pestivirus BVDV-1 in complex with a CpU dinucleotide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E(rns) glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dw7__assembly_1__model_1

4dw7__assembly_1__model_1 | I(q)

4dw7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)