4e55

Crystal Structure of spacer removed cephalosporin acylase mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cephalosporin acylase

Pseudomonas sp.

UniProt O86089

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O86089_9PROT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–682; UniProt 31–719 作者链 B; PDB构建体 4–682; UniProt 31–719

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4e55
沉积日期 deposition_date2012-03-14
结构标题 titleCrystal Structure of spacer removed cephalosporin acylase mutant
关键词 keywords;cephalosporin acylase, spacer, autocleavage, HYDROLASE, glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase, N-terminal nucleophile (Ntn) hydrolase superfamily ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4e55__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4e55__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4e55__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.99 Å
Rg(电子密度)25.93 Å
总 Rg26.76 Å
原子数5248
残基数665
排除体积92064 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4e55__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4e55__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4e55a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family familyd.153.1.2 — Penicillin acylase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd4e55b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family familyd.153.1.2 — Penicillin acylase, catalytic domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4e55A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id4e55A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology439 — Penicillin Amidohydrolase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Penicillin Amidohydrolase, domain 1
结构域编号 domain_id4e55A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology120 — Penicillin G acylase, beta-roll domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region
结构域编号 domain_id4e55A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1400 — Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, alpha-helical knob region
结构域编号 domain_id4e55B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id4e55B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology439 — Penicillin Amidohydrolase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Penicillin Amidohydrolase, domain 1
结构域编号 domain_id4e55B03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology120 — Penicillin G acylase, beta-roll domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region
结构域编号 domain_id4e55B04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1400 — Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, alpha-helical knob region

7. 引用文献 (1)