4ebd

Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase iota

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 26–445	片段：UNP residues 26-445	5'-D(PAPGPGPAPCPCP(DOC))-3' × 1 5'-D(PCPTPGPGPGPTPCPCPT)-3' × 1 0OJ South-methanocarba-2'-deoxyadenosine triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EBD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1T3N Structure of the catalytic core of DNA polymerase Iota in complex with DNA and dTTP 提交 2004-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–414（388 aa）链 B 27–414（388 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.286
2ALZ Ternary Complex of hPoli with DNA and dCTP 提交 2005-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 25–414（390 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16% PEG 5K MME, 0.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, hanging drop, pH 6.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
2DPI Ternary complex of hPoli with DNA and dCTP 提交 2006-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）片段：residues 1-420	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；16% PEG 5K MME, 0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
2DPJ structure of hPoli with DNA and dTTP 提交 2006-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）片段：residues 1-420	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；16% PEG 5K MME, 0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
2FLL Ternary complex of human DNA polymerase iota with DNA and dTTP 提交 2006-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
2FLN binary complex of catalytic core of human DNA polymerase iota with DNA (template A) 提交 2006-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
2FLP Binary complex of the catalytic core of human DNA polymerase iota with DNA (template G) 提交 2006-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.276
2KHU Solution Structure of the Ubiquitin-Binding Motif of Human Polymerase Iota 提交 2009-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 676–715（40 aa）片段：UNP residues 304-357, 676-715	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；25 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1-4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D2O-1, 1-4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] H2O-2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2KHW Solution Structure of the human Polymerase iota UBM2-Ubiquitin Complex 提交 2009-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 676–715（40 aa）片段：UNP residues 304-357, 676-715	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] entity_1-1, 4 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 15N] entity_1-3, 3 mM [U-100% 15N] entity_2-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-5, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-6, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-7, 4 mM entity_2-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2KTF Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 in complex with ubiquitin 提交 2010-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 679–707（29 aa）片段：Ubiquitin biding motif UBM2	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；301 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 3.5 mM peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.5 mM protein, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L0F Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 (P692A mutant) in complex with ubiquitin 提交 2010-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 674–715（42 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.18；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2L0G Solution NMR structure of ubiquitin-binding motif (UBM2) of human polymerase iota 提交 2010-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 679–707（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.18；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MBB Solution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex 提交 2013-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 516–555（40 aa）片段：UNP P06654 residues 229-282, UNP Q9UNA4 residues 516-555	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 3 mM [U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 3 mM GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3EPG Structure of Human DNA Polymerase Iota complexed with N2-ethylguanine 提交 2008-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）片段：Catalytic Fragment (UNP residues 1-420)	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；12-15% PEG MME 5000, 0.2-0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
3EPI Structure of Human DNA Polymerase Iota complexed with N2-ethylguanine and incoming TTP 提交 2008-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）片段：Catalytic Fragment (UNP residues 1-420)	未记录	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；12-15% PEG MME 5000, 0.2-0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
3G6V DNA synthesis across an abasic lesion by human DNA polymerase-iota 提交 2009-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Crystals grew over a period of one day, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
3G6X Ternary complex of DNA Polymerase iota:DNA:dGTP with an abasic site at the templating position 提交 2009-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Crystals grew in 24 hours, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.08 Å R-free 0.265
3G6Y Ternary complex of DNA Polymerase iota:DNA:dTTP with an abasic site at the templating position 提交 2009-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；crystals grew in 24 hours, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253
3GV5 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming ddADP 提交 2009-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–420（420 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 ADI 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；15% PEG 3350, 0.15 M CaCl2, 5% glycerol, 0.005M DTT, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3GV5 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming ddADP 提交 2009-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1–420（420 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 ADI 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；15% PEG 3350, 0.15 M CaCl2, 5% glycerol, 0.005M DTT, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3GV7 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming dTTP 提交 2009-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–420（420 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；15% PEG 5000MME, 0.2M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 5% glycerol, hanging drop	分辨率 2.20 Å R-free 0.258
3GV8 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming dGTP 提交 2009-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–420（420 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；15% PEG 5000MME, 0.2M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 5% glycerol, hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
3H40 Binary complex of human DNA polymerase iota with template U/T 提交 2009-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–414（389 aa）片段：UNP residues 26-414, UmuC domain, DNA binding domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15 % PEG 5K MME, 0.2-0.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
3H4B Ternary complex of human DNA polymerase iota with template U/T and incoming dATP 提交 2009-04-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 25–414（390 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15% PEG 5K MME, 0.2-0.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES , pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.281
3H4D Ternary complex of human DNA polymerase iota with template U/T and incoming dGTP 提交 2009-04-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 25–414（390 aa）片段：polymerase iota	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15% PEG 5K MME, 0.2-0.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
3NGD Structural Basis for Proficient Incorporation of dTTP Opposite O6-methylguanine by Human DNA Polymerase Iota 提交 2010-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–420（420 aa）片段：Catalytic Fragment, 1-420	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M ammonium sulfate, 12.5% PEG 5000 monomethylether, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.284
3OSN Structural Basis for Proficient Incorporation of dTTP Opposite O6-Methylguanine by Human DNA Polymerase Iota 提交 2010-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–420（420 aa）片段：Catalytic fragment, residues 1-420	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 12.5% PEG 5000 monomethylether, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
3Q8P Human DNA polymerase iota incorporating dCTP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–420（420 aa）片段：UNP residues 1-420	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES pH 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
3Q8Q Human DNA polymerase iota incorporating dATP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–420（420 aa）片段：UNP residues 1-420	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.03 Å R-free 0.253
3Q8R Human DNA polymerase iota incorporating dGTP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–420（420 aa）片段：UNP residues 1-420	未记录	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.45 Å R-free 0.280
3Q8S Human DNA polymerase iota incorporating dTTP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–420（420 aa）片段：UNP residues 1-420	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.09 Å R-free 0.266
4EBC Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota 提交 2012-03-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）片段：UNP residues 26-445	未记录	0OH North-methanocarba-2'-deoxyadenosine triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.253
4EBE Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota 提交 2012-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）片段：UNP residues 26-445	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
4EYH Human DNA polymerase iota incorporating dCTP opposite N-(deoxyguanosin-8-yl)-1-aminopyrene lesion 提交 2012-05-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 26–445（420 aa）片段：UNP residues 26-445	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.2 M MH4SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.281
4EYI Human DNA polymerase iota incorporating dATP opposite N-(deoxyguanosin-8-yl)-1-aminopyrene lesion 提交 2012-05-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 26–445（420 aa）片段：UNP residues 26-445	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.2 M NH4SO4, 0.1M MES pH 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
4FS1 Base pairing mechanism of N2,3-ethenoguanine with dTTP by human polymerase iota 提交 2012-06-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.9；277 K；210 microM polymerase iota, 253 microM DNA complex, 10 mM MgCl2, 20 mM dTTP; mix 1:1 ratio with precipitant, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.3 M (NH4)2SO4, 17% PEG 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
4FS2 Base pairing mechanism of N2,3-ethenoguanine with dCTP by human polymerase iota 提交 2012-06-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.9；277 K；210 microM polymerase iota, 253 microM DNA complex, 10 mM MgCl2, 20 mM dTTP; mix 1:1 ratio with precipitant, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.3 M (NH4)2SO4, 17% PEG 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.261
5KT2 Teranry complex of human DNA polymerase iota(26-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mg2+ 提交 2016-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）片段：UNP residues 26-445	未记录	0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；13% PEG MME 5000, 0.1M MES, 0.3M ammonium sulfate	分辨率 2.49 Å R-free 0.249
5KT3 Teranry complex of human DNA polymerase iota(26-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mn2+ 提交 2016-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）片段：UNP residues 26-445	未记录	0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate	分辨率 2.64 Å R-free 0.248
5KT4 Teranry complex of human DNA polymerase iota R96G inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mg2+ 提交 2016-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）片段：UNP residues 1-445	未记录	0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate	分辨率 2.78 Å R-free 0.249
5KT5 Teranry complex of human DNA polymerase iota R96G inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mn2+ 提交 2016-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）片段：UNP residues 1-445	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
5KT6 Teranry complex of human DNA polymerase iota(1-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mg2+ 提交 2016-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）片段：UNP residues 1-445	未记录	0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate	分辨率 3.54 Å R-free 0.244
5KT7 Teranry complex of human DNA polymerase iota(1-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mn2+ 提交 2016-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate	分辨率 3.15 Å R-free 0.236
5ULW Structure of human DNA polymerase iota bound to template 1-methyl-deoxyadenosine 提交 2017-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES, pH 6.0, 18 % PEG 5KMME, 0.4 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.62 Å R-free 0.248
5ULX Structure of human DNA polymerase iota bound to template 1-methyl-deoxyadenosine crystallized in the presence of dCTP 提交 2017-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；100 mM MES, pH 6.0, 14 % PEG 5KMME, 0.4 M Ammonium Sulfate	分辨率 1.96 Å R-free 0.239
9DDR Ternary substrate complex of DNA polymerase iota with DNA (template A), Ca2+, and dTTP 提交 2024-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5-1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 2.15 Å R-free 0.280
9DQT Binary substrate complex of DNA polymerase iota with DNA (template A) 提交 2024-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 3.19 Å R-free 0.364
9DQU Product complex of DNA polymerase iota with Pyrophosphate 提交 2024-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
9DR7 Product complex of DNA polymerase iota with 2 monophosphates 提交 2024-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 2.45 Å R-free 0.312
9DR9 Binary product complex of DNA polymerase iota with DNA 提交 2024-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5 - 1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 2.21 Å R-free 0.297
9DRB Binary complex of DNA polymerase iota with product DNA 提交 2024-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5 - 1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 2.36 Å R-free 0.324
9DRC Ternary substrate complex of DNA polymerase iota R71A mutant with DNA (template A) and dTTP 提交 2024-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5 - 1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 2.45 Å R-free 0.294
9NJH Translocated product complex of DNA polymerase iota with DNA (template A) 提交 2025-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–445（420 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7 1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA	分辨率 2.29 Å R-free 0.288

共 52 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–420； UniProt 26–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ebd
沉积日期 deposition_date	2012-03-23
结构标题 title	Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota
关键词 keywords	polymerase, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.19 Å
零角强度 I(0) i0	79913400.00
分子量 molecular_weight	44906.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42328 Å³
包络体积 envelope_volume	71939 Å³
水化壳体积 shell_volume	25990 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.30 Å
包络 Rg envelope_rg	23.40 Å
形状 Rg shape_rg	23.19 Å
总 Rg total_rg	23.78 Å
总原子数 total_atoms	3371
残基数 n_residues	391
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	79910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7946
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.216
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase iota
分子量 formula_weight	47027.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3517

MELADVGAAASSQGVHDQVLPTPNASSRVIVHVDLDCFYAQVEMISNPELKDKPLGVQQKYLVVTCNYEARKLGVKKLMNVRDAKEKCPQLVLVNGEDLTRYREMSYKVTELLEEFSPVVERLGFDENFVDLTEMVEKRLQQLQSDELSAVTVSGHVYNNQSINLLDVLHIRLLVGSQIAAEMREAMYNQLGLTGCAGVASNKLLAKLVSGVFKPNQQTVLLPESCQHLIHSLNHIKEIPGIGYKTAKCLEALGINSVRDLQTFSPKILEKELGISVAQRIQKLSFGEDNSPVILSGPPQSFSEEDSFKKCSSEVEAKNKIEELLASLLNRVCQDGRKPHTVRLIIRRYSSEKHYGRESRQCPIPSHVIQKLGTGNYDVMTPMVDILMKLFRNMVNVKMPFHLTLLSVCFCNLKALNTAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PAPGPGPAPCPCP*(DOC))-3'
分子量 formula_weight	2091.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AGGACCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(PCPTPGPGPGPTPCPCP*T)-3'
分子量 formula_weight	2722.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CTGGGTCCT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;South-methanocarba-2'-deoxyadenosine triphosphate ;
分子量 formula_weight	501.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4ebda1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.7 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d4ebda2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.240 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
超家族 Superfamily superfamily	d.240.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
家族 Family family	d.240.1.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4ebdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4ebdA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	4ebdA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	4ebdA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.776 Å
晶胞边长 b length_b	97.776 Å
晶胞边长 c length_c	202.739 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.571 Å
最低分辨率 resolution_low	48.888 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2062
R_free r_free	0.2629

fit	/app/data/saxs_computation/eb/4ebd/4ebd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eb/4ebd/4ebd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eb/4ebd/4ebd.dat

Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase iota

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)