SAXSdb — 4ed5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELAV-like protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 18–186	片段：RRM1/RRM2 domains, UNP RESIDUES 18-186	5'-R(AUPUPUPUPUPAPUPUPUPU)-3' × 1 GOL* GLYCEROL × 7 M2M 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；18% PEG 5000, 0.1M HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257
2	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 18–186	片段：RRM1/RRM2 domains, UNP RESIDUES 18-186	5'-R(AUPUPUPUPUPAPUPUPUP*U)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；18% PEG 5000, 0.1M HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ED5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–99（82 aa）片段：RRM1 domain: UNP residues 18-99	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–99（82 aa）片段：RRM1 domain: UNP residues 18-99	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 18–99（82 aa）片段：RRM1 domain: UNP residues 18-99	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 18–99（82 aa）片段：RRM1 domain: UNP residues 18-99	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
4EGL Crystal structure of two tandem RNA recognition motifs of Human antigen R 提交 2012-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–186（169 aa）片段：N-terminal RRM1 and RRM2 domain, UNP residues 18-186	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；287 K；1.5M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–99（80 aa）片段：RRM 1 domain residues 20-99	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–99（80 aa）片段：RRM 1 domain residues 20-99	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 20–99（80 aa）片段：RRM 1 domain residues 20-99	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 20–99（80 aa）片段：RRM 1 domain residues 20-99	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
5SZW NMR solution structure of the RRM1 domain of the post-transcriptional regulator HuR 提交 2016-08-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–126（99 aa）片段：UNP residues 28-126	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 1.5 mM [U-15N] HuR_RRM1, 30 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HuR_RRM1, 30 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6G2K Structure of HuR RRM3 in complex with RNA (UUUUUU) 提交 2018-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 270–353（84 aa）链 B 270–353（84 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS pH 8.5 and 2.25 M ammonium sulphate	分辨率 2.01 Å R-free 0.235
6G2K Structure of HuR RRM3 in complex with RNA (UUUUUU) 提交 2018-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 270–353（84 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS pH 8.5 and 2.25 M ammonium sulphate	分辨率 2.01 Å R-free 0.235
6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 241–326（86 aa）链 B 241–326（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 241–326（86 aa）链 D 241–326（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 241–326（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 241–326（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 241–326（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 D 241–326（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6GD1 Structure of HuR RRM3 提交 2018-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 243–326（84 aa）链 B 243–326（84 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate	分辨率 2.01 Å R-free 0.244
6GD2 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA 提交 2018-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 243–326（84 aa）链 B 243–326（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
6GD2 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA 提交 2018-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 243–326（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
6GD3 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA (UAUUUA) 提交 2018-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 243–326（84 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5 and 10 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.35 Å R-free 0.189
6GD3 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA (UAUUUA) 提交 2018-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 243–326（84 aa）链 C 243–326（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5 and 10 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.35 Å R-free 0.189
9W2F Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with dHuR-2 and HuR 提交 2025-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 15–99（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1EUN (3S)-3-[6-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]pyrazol-4-yl]-1-benzofuran-3-yl]piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELAV1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 18–186 作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 18–186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ed5
沉积日期 deposition_date	2012-03-27
结构标题 title	Crystal structure of the two N-terminal RRM domains of HuR complexed with RNA
关键词 keywords	RRM, RNA binding, Nucleus, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.28 Å
零角强度 I(0) i0	35628900.00
分子量 molecular_weight	42052.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51041 Å³
包络体积 envelope_volume	64547 Å³
水化壳体积 shell_volume	22806 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.3 Å
壳层 Rg shell_rg	30.67 Å
包络 Rg envelope_rg	24.26 Å
形状 Rg shape_rg	24.28 Å
总 Rg total_rg	25.04 Å
总原子数 total_atoms	2933
残基数 n_residues	357
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7961
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9063000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ELAV-like protein 1
分子量 formula_weight	19812.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3220

GRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGEVESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKDANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAITSFNGHKPPGSSEPITVKFAANLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(AUPUPUPUPUPAPUPUPUP*U)-3'
分子量 formula_weight	3368.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

AUUUUUAUUUU

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE
分子量 formula_weight	134.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	252

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4ed5a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ed5a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ed5b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ed5b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4ed5A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4ed5A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4ed5B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4ed5B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.770 Å
晶胞边长 b length_b	62.750 Å
晶胞边长 c length_c	53.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	35.080 Å
R 因子 r_factor	0.2112
R_work r_work	0.2087
R_free r_free	0.2565

fit	/app/data/saxs_computation/ed/4ed5/4ed5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ed/4ed5/4ed5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ed/4ed5/4ed5.dat

Crystal structure of the two N-terminal RRM domains of HuR complexed with RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELAV-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)