4edx

Nerve Growth Factor in Complex with Fab from mouse mAb 911

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 159.7 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-nerve growth factor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 V； UniProt 122–241 链 W； UniProt 122–241	未记录	light chain of FAB of murine anti-NGF × 2 heavy chain of Fab of murine anti-NGF × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；300 K；PEG 3350, zinc acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.50 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EDX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SG1 Crystal Structure of the Receptor-Ligand Complex between Nerve Growth Factor and the Common Neurotrophin Receptor p75 提交 2004-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 122–241（120 aa）链 B 122–241（120 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；295 K；PEG 1000, isoproponal, sodium chloride, citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.269
1WWW NGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 5 OF THE TRKA RECEPTOR 提交 1999-03-12	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 122–241（120 aa）链 W 122–241（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
2IFG Structure of the extracellular segment of human TRKA in complex with nerve growth factor 提交 2006-09-20	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 122–241（120 aa）链 F 122–241（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PEG, GLYCINE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.50	分辨率 3.40 Å R-free 0.331
4EDW Nerve Growth Factor in Complex with Fab from humanized version of mouse mAb 911 (tanezumab) 提交 2012-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 122–241（120 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；300 K；PEG 5000 monomethylether, glycerol, sodium cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.48 Å R-free 0.249
4ZBN Non-helical DNA Triplex Forms a Unique Aptamer Scaffold for High Affinity Recognition of Nerve Growth Factor 提交 2015-04-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 122–241（120 aa）链 B 122–241（120 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；16 % PEG 8000, 100 mM HEPES pH 6.0, 100 mM Magnesium Acetate and 20% glycerol	分辨率 2.45 Å R-free 0.257
5JZ7 NGF IN COMPLEX WITH MEDI578 scFv 提交 2016-05-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 128–237（110 aa）链 B 128–237（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；18 % PEG 8000, 150 mM NaCl, 100 mM MES pH 6.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.268
5JZ7 NGF IN COMPLEX WITH MEDI578 scFv 提交 2016-05-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 128–237（110 aa）链 F 128–237（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；18 % PEG 8000, 150 mM NaCl, 100 mM MES pH 6.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.268
6YW8 NMR solution structure of unbound recombinant human Nerve Growth Factor (rhNGF) 提交 2020-04-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–239（118 aa）链 B 122–239（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.1 mM [U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9TPP Antibody-antigen complex 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 169–179（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 18% PEG 3350, 20% isopropanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
9TQ6 Antibody-antigen complex 提交 2025-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 169–178（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；50 mM imidazole, pH 7, 18% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.276
9TQ6 Antibody-antigen complex 提交 2025-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 169–178（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；50 mM imidazole, pH 7, 18% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.276

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NGF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–120； UniProt 122–241 作者链 W； PDB构建体 1–120； UniProt 122–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4edx
沉积日期 deposition_date	2012-03-27
结构标题 title	Nerve Growth Factor in Complex with Fab from mouse mAb 911
关键词 keywords	cystine knot, immunoglobulin, growth/survival factor, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.53 Å
零角强度 I(0) i0	214018000.00
分子量 molecular_weight	116670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144950 Å³
包络体积 envelope_volume	202320 Å³
水化壳体积 shell_volume	42934 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.83 Å
包络 Rg envelope_rg	44.99 Å
形状 Rg shape_rg	44.49 Å
总 Rg total_rg	44.51 Å
总原子数 total_atoms	8200
残基数 n_residues	1047
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.7 Å
Rg (实空间) rg_real	44.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	213800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7125
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.728
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.063
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.463; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.339; Smooth: 0.532

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-nerve growth factor
分子量 formula_weight	13515.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,V
原子数 atom_count	8298

SSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	light chain of FAB of murine anti-NGF
分子量 formula_weight	23779.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L

DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNHLNWYQQKPDGTVKLLIYYISRFHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQSKTLPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	heavy chain of Fab of murine anti-NGF
分子量 formula_weight	23681.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLIGYDINWVRQPPGKGLEWLGMIWGDGTTDYNSALKSRLSISKDNSKSQVFLKMNSLRTDDTATYSCARGGYYYGTSYYFDYWGQGTTLTVSSASTTPPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4edxa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4edxa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4edxb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4edxh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4edxl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4edxl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4edxv_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.3 — Neurotrophin

结构域编号 domain_id	d4edxw_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.3 — Neurotrophin

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4edxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4edxV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	4edxW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	57.748 Å
晶胞边长 b length_b	69.931 Å
晶胞边长 c length_c	83.736 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.34 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	110.42 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.490 Å
R 因子 r_factor	0.2093
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2579

fit	/app/data/saxs_computation/ed/4edx/4edx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ed/4edx/4edx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ed/4edx/4edx.dat

Nerve Growth Factor in Complex with Fab from mouse mAb 911

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-nerve growth factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)